A Idade Media representou para a cidade unha época de continuos conflitos e inestabilidade política e social. Neste período produciranse unha serie de tensións entre as tres forzas puxantes naquel momento: a [[monarquía]], a [[Igrexa Católicacatólica|Igrexa]] e o [[Municipio|concello]] (que se menciona por primeira vez nunha ''Carta Pobra'' de Diego Velasco en [[1122]]). O primeiro conflito entre concello e Igrexa ten lugar en [[1256]] cando o primeiro recibe a [[Afonso X]], coa conseguinte protesta da igrexa que era, en realidade, a principal dona da cidade e polo tanto a encargada de recibir aos altos cargos. Coa queima en [[1293]] do convento dos [[franciscano]]s, os enfrontamentos entre igrexa e concello recrudecéronse. O asunto chegou a [[Roma]], onde o bispo foi condenado a reedificar o convento na parte alta da cidade, do cal hoxe só queda o claustro de comezos do [[século XIV]]. A igrexa do convento foi trasladada ao seu actual emprazamento, na Alameda de San Lázaro.
Como consecuencia destes actos, [[Fernando IV]] retiroulle a xurisdición da cidade á igrexa, que máis tarde sería recobrada grazas a [[Afonso XI]].
