|
'''PROSITE''' é unha [[base de datos de secuencias|base de datos de proteínas]].<ref name="DeCastro2006">{{citeCita journalpublicación periódica|title=ScanProsite: detection of PROSITE signature matches and ProRule-associated functional and structural residues in proteins | author=De Castro E, Sigrist CJA, Gattiker A, Bulliard V, Langendijk-Genevaux PS, Gasteiger E, Bairoch A, Hulo N | journal=Nucleic Acids Res.|year=2006|volume=34 |issue=Web Server issue |pages=W362–365 | pmid=16845026 |url=http://nar.oxfordjournals.org/cgi/screenpdf/34/suppl_2/W362|doi=10.1093/nar/gkl124|pmc=1538847}}</ref><ref name="Hulo2007">{{citeCita journalpublicación periódica|title=The 20 years of PROSITE | author=Hulo N, Bairoch A, Bulliard V, Cerutti L, Cuche B, De Castro E, Lachaize C, Langendijk-Genevaux PS, Sigrist CJA | journal=Nucleic Acids Res.|year=2007| pmid=18003654 |url=http://nar.oxfordjournals.org/cgi/screenpdf/gkm977v1|doi=10.1093/nar/gkm977|volume=36|pages=D245–9|issue=Database issue|pmc=2238851}}</ref> Consta de entradas que describen as [[familia proteica|familias proteicas]], [[dominio proteico|dominios]] e [[sitio funcional|sitios funcionais]] e tamén os patróns de [[aminoácido]]s e perfís que hai nelas. Están revisados manualmente por un equipo do [[Instituto Suízo de Bioinformática]] e moi integrados coa anotación de proteínas de [[Swiss-Prot]]. PROSITE creouna en 1988 [[Amos Bairoch]], que dirixiu este grupo durante máis de 20 anos. Desde xullo de 2009, o director dos grupos PROSITE, Swiss-Prot e Vital-IT é Ioannis Xenarios.
Entre os usos de PROSITE está a identificación de posibles funcións de novas proteínas descubertas e a análise de proteínas coñecidas para examinar actividades previamente indeterminadas. As propiedades de [[xene]]s ben estudados poden aplicarse a organismos bioloxicamente relacionados, e para xenes diferentes ou mal colecidos poden predicirse as funcións bioquímicas a partir das semellanzas. PROSITE ofrece ferramentas para a [[análise de secuencia]] de proteínas e detección de motivos ([[motivo de secuencia]] e patróns PROSITE). Forma parte dos servidores de análise [[proteómica]] [[ExPASy]].
A [[base de datos]] '''ProRule''' constrúe as descricións de dominios proteicos de PROSITE.<ref name="Sigrist2005">{{citeCita journalpublicación periódica|title=ProRule: a new database containing functional and structural information on PROSITE profiles | author=Sigrist CJ, De Castro E, Langendijk-Genevaux PS, Le Saux V, Bairoch A, Hulo N | journal=Bioinformatics. |year=2005 |volume=21 |pages=4060–4066 |pmid=16091411 |doi=10.1093/bioinformatics/bti614 |url=http://bioinformatics.oxfordjournals.org/cgi/reprint/21/21/4060|issue=21}}</ref> Proporciona información adicional sobre os aminoácidos funcional ou estruturalmente críticos. As regras conteñen información sobre residuos significativos bioloxicamente, como [[sitio activo|sitios activos]], sitios de unión de [[substrato encimático|substratos]] ou [[cofactor]]es, sitios de [[modificación postraducional]] ou [[ponte disulfuro|pontes disulfuro]], para axudar a determinar a función da proteína. Estes poden xerar automaticamente a anotación baseada en motivos PROSITE.
En agosto de 2012, a edición 20.85 tiña 1650 entradas de documentación, 1308 patróns, 1039 perfís, e 1041 ProRules.
|
