Moitas heterocontas son [[flaxelado]]s unicelulares, e moitos outros producen células flaxeladas nalgun momento do seu ciclo de vida, como na fase de [[gameto]]s ou [[zooespora]]s. O nome heterocontas refírese a que teñen dous flaxelos desiguais. O flaxelo anterior é como unha grinaldagrilanda, porque está cuberto con bárbulas laterais ou ''mastigonemas'', e o outro flaxelo é como un látego liso e xeralmente máis curto, ou ás veces reducido a só o [[corpo basal]]. Os flaxelos están inseridos en posición subapical ou lateral, e están xeralmente sostidos por catro raíces de [[microtúbulo]]s formando un patrón característico.
Os mastigonemas están feitos de [[glicoproteína]]s producidas no [[retículo endoplasmático]] da célula e transportados á superficie do flaxelo anterior. Cando se move o flaxelo con forma de grinaldagrilanda, os mastigonemas crean unha corrente retrógrada, que impulsa a célula pola auga ou arrastra a comida. Os mastigonemas teñen unha estrutura tripartita peculiar, que pode considerarse un carácter definitorio das heterocontas, polo que no grupo se inclúen uns poucos [[protista]]s con esta característica que non producen células coa típica forma heteroconta. Os mastigonemas perdéronse nunhas poucas liñas de heterocontas, principalmente nas [[diatomea]]s.
