Pfam: Diferenzas entre revisións
Contido eliminado Contido engadido
mSen resumo de edición |
m →Características: Bot: Arranxos varios |
||
Liña 63:
As descricións das familias Pfam poden ser consultadas polo público xeral usando Wikipedia.
Case o 80% das secuencias de proteínas contidas na [[UniProt Knowledgebase]] teñen polo menos unha correspondencia en Pfam.<ref name="PuntaCoggill2011">{{cite journal|last1=Punta|first1=M.|last2=Coggill|first2=P. C.|last3=Eberhardt|first3=R. Y.|last4=Mistry|first4=J.|last5=Tate|first5=J.|last6=Boursnell|first6=C.|last7=Pang|first7=N.|last8=Forslund|first8=K.|last9=Ceric|first9=G.|title=The Pfam protein families database|journal=Nucleic Acids Research|volume=40|issue=D1|year=2011|pages=D290–D301|issn=0305-1048|doi=10.1093/nar/gkr1065|pmid=22127870|pmc=3245129}}</ref> Esta cifra denomínase cobertura de secuencias.
A base de dartos Pfam contén información sobre [[dominio proteico|dominios]] e [[familia proteica|familias proteicas]]. Pfam-A é a porción revisada manualmente da base de datos que contén unhas 16.000 entradas. Para cada entrada almacénase un [[aliñamento de secuencias múltiple|aliñamento de secuencias de proteínas]] e un [[modelo de Markov oculto]]. Estes modelos de Markov ocultos poden utilizarse para procurar información nas bases de datos de secuencias co paquete [[HMMER]] escrito por Sean Eddy.
Liña 99:
| pmid = 15353450
| doi = 10.1093/bioinformatics/bti011
}}</ref> almacena a descrición de dominios de Pfam. Investiga se diferentes proteínas que son descritas xuntas na base de datos de [[estrutura das proteínas|estrutura de proteínas]] [[Protein Data Bank|PDB]] están o suficientemente próximas como para potencialmente interaccionar.
A versión actual de Pfam é "Pfam 28.0" (maio de 2015; 16.230 familias).<ref name=Pfamrelnotes>{{cite web|title=Pfam current release notes|url=ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/relnotes.txt|accessdate=30 June 2015}}</ref>
| |||