Cóntigo: Diferenzas entre revisións

Os cóntigos poden referirse tamén a [[cromosoma artificial bacteriano|clons]] solapados que forman un [[mapado de xenes|mapa físico]] dun cromosoma cando se usa a estratexia de secuenciación de '''arriba a abaixo''' (''top-down'') ou '''[[secuenciación shotgun|xerárquica]]'''.<ref name="contig assembly" /> Neste étodométodo de secuenciación, faise un mapado xénico de baixa resolución antes de secuenciar para proporcionar un armazón para guiar a ensamblaxe posterior das lecturas de secuencia do xenoma. Este mapa identifica as posicións relativas e o solapamento dos clons usados para a secuenciación. Os conxuntos de clons solapados que forman un tramo continuo de ADN denomínanse cóntigos; o mínimo número de clons que forman un cóntigo que cobre o cromosoma completo comprende o camiño que se utiliza para a secuenciación. Unha vez que se selecciona este camiño, os seus [[cromosoma artificial bacteriano|cromosomas artificiais bacterianos]] (BACs) compoñentes son rotos en fragmentos máis pequenos e secuenciados. Por tanto, os cóntigos proporcionan o armazón para a secuenciación xerárquica.<ref name="genome map" />

A ensamblaxe dun mapa de cóntigos implica varios pasos. Primeiro, o ADN é roto en fragmentos máis grandes (de 50 a 200kb), que son clonados en BACs ou [[cromosoma artificial derivado de P1|PACs]] para formar unha [[biblioteca (bioloxía)|biblioteca]] de BACs. Como estes clons deben cubrir o cromosoma (ou xenoma) completo, é teoicamenteteoricamente posible ensamblar un cóntigo de BACs que cobre o cromosoma completo.<ref name="contig assembly" /> A realidade, porén, non sempre é ideal. A miúdo permanecen ocos e acon miúdofrecuencia o primeiro resultado é un andamio (que consta de cóntigos e de ocos) que cobre a rexión do mapa.<ref name="contig assembly" /> Os ocos entre os cóntigos poden ser pechados por varios métodos que se indican máis abaixo.