Cóntigo: Diferenzas entre revisións

Un cóntigo de secuencia é unha secuencia continua (non contigua) resultante da reensamblaxe dos pequenos fragmentos de ADN xerados por estratexias de [[secuenciación shotgun|secuenciación de abaixo a arriba]]. Este significado de cóntigo é consistente coa definición orixinal que lles deu [[Rodger Staden]] (1979).<ref>{{cite journal |author=Staden R |year=1979 |title=A strategy of DNA sequencing employing computer programs |journal=Nucleic Acids Research |volume=7 |pages=2601–2610 |pmc=327874 |pmid=461197 |doi=10.1093/nar/6.7.2601}}</ref> A estratexia de [[secuenciación do ADN]] de abaixo a arriba implica romper o ADN xenómico en numerosos pequenos fragmentos ("bottom"), a secuenciación deses fragmentos, a súa reensamblaxe en cóntigos e finalmente a do xenoma completo, polo que se empeza cos fragmentos e se acaba co xenoma completo (de aí o seu nome de secuenciación "de abaixo a arriba" ou ''"bottom-up"''). Como a tecnoloxía actual só permite a secuenciación directa de fragmentos relativamente curtos de ADN (de 300 a 1000 nucleótidos), o ADN xenómico debe ser fragmentado en pequenos fragmentos antes de empezar a secuenciar.<ref name="genome sequencing">Dunham, I. ''Genome Sequencing''. Encyclopedia of Life Sciences, 2005.</ref> Nos proxectos de secuenciación de abaixo a arriba, o ADN [[reacción en cadea da polimerase|amplificado]] é roto ao azar en fragmentos do tamaño axeitado para a secuenciación. As lecturas de secuencias obtidas seguidamentes, que son os datos que conteñen as secuencias dos pequenos fragmentos, almacénanse nunha [[base de datos]]. O [[Proxectos xenoma|software de ensamblaxe]]<ref name="genome sequencing" /> busca despois nesta base de datos pares de lecturas que se solapan. Ensamblar as lecturas deses pares (incluíndo, por suposto, só unha copia da secuencia idéntica) produce unha lectura contigua máis longa (cóntigo) do ADN secuenciado. Ao repetir este proceso moitas veces, ao primeiro cos pares de bases curtas de lecturas iniciais pero despois utilizando pares cada vez máis longos que resultan da ensamblaxe dos anteriores, pode determinarse a secuencia de ADN dun cromosoma completo.

 

[[Ficheiro:PET contig scaffold.png|miniatura|As lecturas solapadas de secuenciación de extremos apareados forman cóntigos; os cóntigos e ocos de lonxitude coñecida forman andamios.]]

Os andamios consisten en cóntigos solapados separados por ocos de lonxitude coñecida. As novas restricións en canto ás orientacións dos cóntigos permite a localización de secuencias altamente repetitivas no xenoma. Se unha lectura dun extremo ten unha secuencia repetitiva, con tal de que o seu par compañeiro estea localizado nun cóntigo, pode coñecerse a súa localización.<ref name="pet" /> Os ocos restantes entre os cóntigos no andamio poden despois secuenciarse por diversos métodos, incluíndo a amplificación por [[reacción en cadea da polimerase|PCR]] seguida de secuenciación (para os ocos máis pequenos) e métodos de clonación de [[cromosoma artificial bacteriano]] (BAC) seguidos de secuenciación de ocos maiores.<ref name="textbook" />