Superfamilia de proteínas: Diferenzas entre revisións

Contido eliminado Contido engadido
m Arranxos varios
Miguelferig (conversa | contribucións)
Liña 3:
== Identificación ==
 
[[Ficheiro:Structure vs sequence in the PA clan.png|miniatura|center|850px| Arriba, conservción da estrutura secundaria de 80 membros do [[clan PA]] (superfamilia). H indica [[hélice α]], E indica [[folla beta|folla β]], L indicates bucle. Abaixo, [[secuencia conservada|conservación de secuencia]] do mesmo [[aliñamento de secuencias|aliñamento]]. As frechas indican resíduos de [[tríade catalítica]]. Aliñados baseándose na estrutura por [[Familias de proteínas estruturalmente similares|DALI]].]]
[[Ficheiro:Structural homology of the PA clan.png|miniatura|500px|[[Homoloxía estrutural]] na [[clan PA|superfamilia PA]] (clan PA). O dobre [[barril beta]] que caracteriza esta superfamilia está salientado en vermello. Móstranse estruturas representativas de varias familias pertencentes á superfamilia PA. Nótese que algunhas proteínas mostran estruturas parcialmente modificadas. A [[quimotripsina]] (1gg6), [[protease TEV]] (1lvm), [[calicivirina]] (1wqs), protease do [[virus do Nilo Occidental]] (1fp7), [[exfoliatina|toxina exfoliatina]] (1exf), [[Peptidase Do|protease HtrA]] (1l1j), [[Trimeresurus stejnegeri|activador do plasminóxeno do veleno de serpe]] (1bqy), [[Peptidase Do|protease do cloroplasto]] (4fln) e protease do [[arterite viral equina|virus da arterite viral equina]] (1mbm).]]
 
=== Homoloxía de secuencia ===
{{Artigo principal|Homoloxía de secuencia}}
Os membros dunha superfamilia xeralmente non mostran [[homoloxía de secuencias]] detectable. Normalmente é imposible [[aliñamento de secuencias|aliñalas]] debido á gran frecuencia que presentan de [[indel|insercións e delecións]]. No clan PA das [[protease]]s, por exemplo, non hai ningún residuo simple [[secuencia conservada|conservado]] na superfamilia, nin sequera na [[tríada catalítica|tríade catalítica]]. Inversamente, as familias que constitúen unha superfamilia están definidas polo aliñamento de secuencias dos seus membros; por exemplo a familia da protease C04 pertencente ao clan PA.
 
=== Homoloxía estrutural ===