Desde 1987, a [[monofilético|monofilia]] das bacterias gramnegativas foi posta en dúbida polos estudos de filoxenética molecular realizados.<ref name="woese87">Woese, C. R. (1987). "Bacterial evolution". Microbiological reviews 51 (2): 221–271. PMC 373105. PMID 2439888. [http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=373105].</ref> Porén, algúns autores, como [[Cavalier-Smith]] aínda tratan as bacterias como un [[clado]] monofilético e refírense ás gramnegativas como o subreino "Negibacteria".<ref name="pmid">{{Cita publicación periódica |author=Cavalier-Smith T |title=Rooting the tree of life by transition analyses |journal=Biol. Direct |volume=1 |issue= |pages=19 |year=2006 |pmid= 16834776|pmc=1586193 |doi=10.1186/1745-6150-1-19 |url=http://www.biology-direct.com/content/1//19}}</ref>
Cómpre salientar que a distinción entre [[bacteria]]s [[Bacteria grampositiva|grampositivas]] ou [[Bacteria gramnegativa|gramnegativas]] é ambiguo, xa que se pode referir a tres diferentes aspectos: resultado da tinguidura, organización da [[envoltura celular bacteriana|envoltura celular]], e grupo taxonómico, os cales non necesariamente van xuntos para unha mesma especie.<ref name="Desvaux et al., 2009">, Desvaux M, Hébraud M, Talon R, Henderson IR. 2009. Secretion and subcellular localizations of bacterial proteins: a semantic awareness issue. Trends Microbiol. 17:139-145.</ref> Cando nos referimos ao tipo de envoltura bacteriana, o uso dos termos bacteria '''monoderma''' ou '''diderma''' é máis apropiado.<ref name="Desvaux et al., 2009" /> As didermas poden subdividirse polo menos nos grupos didermas–LPS e didermas–micolato.<ref name="Sutcliffe, 2010">, Sutcliffe IC. 2010. A phylum level perspective on bacterial cell envelope architecture. Trends Microbiol. 18:464-470.</ref> Hai didermos que son grampositivos, como membros do grupo ''[[Deinococcus-Thermus]]'', e os [[Chloroflexi]] son monodermos pero teñen unha tinguidura de Gram variable, na maioría dos casos gramnegativa.<ref name=Madigan_2004>{{Cita libro | autor =Madigan, MT |autor2= Martinko J, Parker J | title = Brock Biology of Microorganisms | edition = 10th | publisher = Lippincott Williams & Wilkins | year = 2004 | isbn = 0-13-066271-2}}</ref><ref name=Begey_essay>{{Cita libro |series=[[Bergey's Manual of Systematic Bacteriology]]|volume=2A|title=Introductory Essays|editor=George M. Garrity |autor1=Don J. Brenner|autor2= Noel R. Krieg|autor3= James T. Staley |publisher=Springer|location= New York |edition=2nd|isbn=978-0-387-24143-2 |pages=304 |url=http://www.springer.com/life+sciences/book/978-0-387-24143-2 |date=July 26, 2005| origyear =1984(Williams & Wilkins)|id=British Library no. GBA561951}}</ref>
