O ADN do xenoma dun organismo pode dividirse conceptualmente en dous: o que codifica as proteínas (os xenes) e o que non codifica. En moitas [[especie]]s, só unha pequena fracción do [[xenoma]] codifica proteínas. Por exemplo, só arredor do 1,5% do [[xenoma humano]] consiste en [[exón]]s que codifican proteínas (20.000 a 25.000 xenes), mentres que máis do 90% consiste en [[ADN non codificante]].<ref>{{Cita publicación periódica|autor=Wolfsberg T, McEntyre J, Schuler G |título=Guide to the draft human genome | revista=Nature |volume=409 |número=6822 | páxinas=824–6 |ano=2001 |pmid=11236998 | doi = 10.1038/35057000}}</ref>
O ADN non codificante (tamén denominado por veces e con menos precisión ''ADN lixo'') corresponde a secuencias do xenoma que non xeran unha proteína (procedentes de transposicións, duplicacións, translocacións e recombinacións de virus, etc.), incluíndo os [[intrón]]s. Ata hai pouco tempo pensábase que a maior parte do ADN non codificante non tiña utilidade ningunha, mais estudos recentes indican que iso é inexacto. Entre outras funcións, postúlase que parte do chamado "ADN lixo" regula a [[expresión xénica|expresión diferencial dos xenes]].<ref>{{Cita publicación periódica|autor=The ENCODE Project Consortium |título=Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project |revista=Nature |volume=447 |número=7146 | páxinas=799–816 |ano=2007 |doi=10.1038/nature05874}}</ref> Por exemplo, algunhas secuencias teñen afinidade por proteínas especiais que teñen a capacidade de unirse ao ADN (como os [[homeodominio]]s, os complexos receptores de [[hormona]]s [[hormona esteroide|esteroides]] etc.), cun papel importante no control dos mecanismos de transcrición e replicación. Estas secuencias chámanse frecuentemente "[[secuencia reguladora|secuencias reguladoras]]", e os investigadores supoñen que só se levan identificado unha pequena fracción das que realmente existen. A presenza de tanto ADN non codificante en xenomas eucarióticos e as diferenzas en tamaño do xenoma entre especies representan unha incógnita a resolver que é coñecida como o "[[enigma do valor C]]".<ref>{{Cita publicación periódica|autor=Gregory T |título=The C-value enigma in plants and animals: a review of parallels and an appeal for partnership | url=http://aob.oxfordjournals.org/cgi/content/full/95/1/133 | revista=Ann Bot (Lond) |volume=95 |número=1 | páxinas=133–46 |ano=2005 |pmid=15596463 |doi=10.1093/aob/mci009}}</ref>
Recentemente, un grupo de investigadores da Universidade de Yale descubriu unha secuencia de ADN non codificante que sería a responsable de que os seres humanos desenvolveran a capacidade de agarrar e/ou manipular obxectos ou ferramentas.<ref>{{Cita publicación periódica|autor=Yale University |título=Yale Researchers Find “Junk DNA” May Have Triggered Key Evolutionary Changes in Human Thumb and Foot | url=http://opa.yale.edu/news/article.aspx?id=5980}}</ref>
