A pseudouridina é o produto dunha isomerización da [[uridina]], que é o resultado dunha rotación de 180° do qanel de [[pirimidina]] arredor do eixe pasando polos átomos N3 e C6 do anel. Esta rotación non modifica as propiedades de apareamento de Watson e Crick que tiña a uridina, pero modifica a natureza do [[enlace glicosídico]] entre a [[ribosa]] e a [[base nitroxenada]]<ref>{{articlecita publicación periódica |languelingua=en| titretítulo=Pseudouridine, a carbon-carbon linked ribonucleoside in ribonucleic acids: isolation, structure, and chemical characteristics. | journalrevista=J. Biol. Chem. | annéeano=1960 | volume=235 | pagespáxinas=1488-1498 | pmid= 13811056 | auteurautor= Cohn W.E.}}</ref>. As bases nitroxenadas dos nucleósidos e nucleótidos naturais están ligadas ao azucre por un [[átomo]] de [[nitróxeno]] (enlace C–N). Na pseudouridina, este enlace é cambiado por un enlace C–C. Os residuos de pseudouridina posúen un segundo grupo NH que pode formar un [[enlace de hidróxeno]] suplementario. Esta capacidade é utilizada en certos ARN para estabilizar a súa estrutura. Un dos bucles ou brazos do [[ARNt]] leva un residuo de pseudouridina conservado que está implicado na estabilización da estrutura tridimensional. Por esta razón, este brazo denomínase TψC, pola secuencia conservada centrada na pseudouridina (ψ).
