A [[estrutura das proteínas]] está moito máis conservada evolutivamente que a secuencia (como tamén se pode exemplificar co clan PA das proteases). HaimoiHai moi poucos residuos que mostren conservación da secuencia de aminoácidos,; porén, hai elementoelementos estruturais secundarios que están altamente consevados como tamén os motivos estruturais terciarios que forman. Os programas de aliñamento estrutural como DALI poden utilizar a estrutura en 3D dunha proteína de interese para atopar proteínas que teñan pregamentos similares. Comparando as estruturas en 3D poden identificarse exemplos de parentescos evolutivos que non se descobren coa comparación de secuencias.
