Orixinalmente, ExPASy denominábase '''ExPASy''' ('''Ex'''pert '''P'''rotein '''A'''nalysis '''Sy'''stem, Sistema de Análise de Proteínas Experto) e actuaba como un servidor proteómico para analizar secuencias e estruturas de [[proteína]]s e [[electroforese en xel bidimensional]] (electroforese Page 2D).<ref name="pmid12824418">{{cite journal |pages=3784–8 |doi=10.1093/nar/gkg563 |title=ExPASy: The proteomics server for in-depth protein knowledge and analysis |year=2003 |last1=Gasteiger |first1=E. |journal=Nucleic Acids Research |volume=31 |issue=13 |pmid=12824418 |last2=Gattiker |first2=A |last3=Hoogland |first3=C |last4=Ivanyi |first4=I |last5=Appel |first5=RD |last6=Bairoch |first6=A |pmc=168970}}</ref> Entre outras cousas, ExPASy referencia a base de datos sobre os coñecementos sobre suceuncias de proteínas, [[UniProtKB]]/[[Swiss-Prot]], e o seu suplemento anotado por computador, UniProtKB/[[TrEMBL]].
ExPASy foi a primeira páxina web das ciencias da vida.
