Así comezou un período de varios centos de anos no [[Imperio Otomán]]. O Dodecaneso formou o ''[[vilaiete]] (provincia ou gobernación) das illas'' (en turco otomanootomán, ''vilâyet''). A poboación tivo unha serie de privilexios. Polo edito de Suleiman, pagaban un imposto especial a cambio dun estatuto de autonomía que prohibía aos xenerais otománs interferir nos seus asuntos civís ou maltratar á poboación. Estas garantías, combinadas cunha localización estratéxica na encrucillada da navegación mediterránea, permitiu ás illas prosperar. Aínda que as simpatías da poboación maioritariamente grega (só en Rodas e Cos había comunidades turcas) inclinábanse fortemente cara a Grecia na súa declaración de independencia en 1822, os insulares non se uniron á [[guerra de Independencia grega]], continuando cunha existencia semiautónoma como un arquipélago de comerciantes gregos dentro do Imperio Otomán. De feito, o século 19 resultou ser un dos máis prósperos para as illas, unha serie de mansións datan desta época.
