As sondas para northern blot están compostas de ácidos nucleicos cunha secuencia [[complementariedade (bioloxía molecular)|complementaria]] a unha parte ou a todo o ARN de interese, poden ser de ADN, ARN, ou [[oligonucleótido]]s cun mínimo de 25 bases complementarias coa secuencia diana.<ref name="Trayhurn1996" /> As sondas de ARN (ribosondas) que se transcriben in vitro poden sopartar uns pasos de lavado máis rigorosos, o que impide que apareza nos resultados parte do "ruído" de fondo.<ref name="Streit2009" /> Normalmente, para funcionar como sonda de northern blot créase [[ADNc]] con [[cebador]]es etiquetados para a secuencia do ARN de interese.<ref name=Liang1995>Liang, P. Pardee, A. B. (1995) Recent advances in differential display. Current Opinion Immunol. 7: 274–280.</ref> As sondas deben etiquetarse con [[isótopo]]s [[redioactividaderadioactividade|radioactivos]] (<sup>32</sup>P) ou ben con [[quimioluminescencia]], na cal os encimas [[fosfatase alcalina]] ou [[peroxidase do ravo picante]] (''Armoracia rusticana'') degradan os substratos quimioluminescentes producindo unha emisión de luz detectable.<ref name=Engler-Blum1993>{{cite journal | last1 = Engler-Blum | first1 = G. | last2 = Meier | first2 = M. | last3 = Frank | first3 = J. | last4 = Muller | first4 = G. A. | year = 1993 | title = Reduction of Background Problems in Nonradioactive Northern and Southern Blot Analysis Enables Higher Sensitivity Than 32P-Based Hybridizations | url = | journal = Anal. Biochem | volume = 210 | issue = 2| pages = 235–244 | doi = 10.1006/abio.1993.1189 | pmid = 7685563 }}</ref> A etiquetaxe quimiolunimescente pode facerse de dous xeitos: pode unirse o encima á sonda, ou pode etiquetarse a sonda cun [[ligando]] (por exemplo, [[biotina]]), para o cal se une ao encima un [[anticorpo]] (por exemplo, [[avidina]] ou [[estreptavidina]]).<ref name="Streit2009" /> Cunha película de [[raios X]] pode detectarse tanto os sinais radioactivos coma os quimioluminescentes, e moitos investigadores prefiren os sinais quimioluminescentes porque son máis rápidos, máis sensibles, e reducen os perigos para a saúde aociados coas marcaxes radioactivas.<ref name="Engler-Blum1993" /> Unha mesma membrana pode sondarse ata cinco veces sen que se produza unha perda significativa de ARN diana.<ref name="Yang1993" />
