Factor de transcrición: Diferenzas entre revisións
Contido eliminado Contido engadido
m Bot: Cambio o modelo: Cite book; cambios estética |
|||
Liña 1:
En [[bioloxía molecular]] e en [[xenética]], un '''factor de transcrición''' (ás veces chamado factor de unión ao ADN específico de secuencia) é unha [[proteína]] que se une a [[secuencia de ADN|secuencias de ADN]] específicas, controlando deste modo o fluxo (ou a [[transcrición xenética|transcrición]]) de información xenética que vai do [[ADN]] ao [[ARN mensaxeiro]]. <ref name="pmid9570129">{{cite journal | author = Latchman DS | title = Transcription factors: an overview | journal = Int. J. Biochem. Cell Biol. | volume = 29 | issue = 12 | pages = 1305–12 | year = 1997 | pmid = 9570129 | doi = 10.1016/S1357-2725(97)00085-X }}</ref><ref name="pmid2128034">{{cite journal | author = Karin M | title = Too many transcription factors: positive and negative interactions | journal = New Biol. | volume = 2 | issue = 2 | pages = 126–31 | year = 1990 | pmid = 2128034 | doi = }}</ref> Os factores de transcrición realizan esta función sós ou xunto con outras proteínas formando un complexo, promovendo (funcionando como un [[activador (xenética)|activador]]), ou bloqueando (como [[represor]]es) o recrutamento da [[ARN polimerase]] (o encima que realiza a [[transcrición xenética|transcrición]] da información xenética do [[ADN]] ao [[ARN]]) en [[xene]]s específicos. <ref name="pmid8870495">{{cite journal | author = Roeder RG | title = The role of general initiation factors in transcription by RNA polymerase II | journal = Trends Biochem. Sci. | volume = 21 | issue = 9 | pages = 327–35 | year = 1996 | pmid = 8870495 | doi = 10.1016/0968-0004(96)10050-5 }}</ref><ref name="pmid8990153">{{cite journal | author = Nikolov DB, Burley SK | title = RNA polymerase II transcription initiation: A structural view | journal = Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. | volume = 94 | issue = 1 | pages = 15–22 | year = 1997 | pmid = 8990153 | doi = 10.1073/pnas.94.1.15 | pmc = 33652 }}</ref><ref name="pmid11092823">{{cite journal | author = Lee TI, Young RA | title = Transcription of eukaryotic protein-coding genes | journal = Annu. Rev. Genet. | volume = 34 | issue = | pages = 77–137 | year = 2000 | pmid = 11092823 | doi = 10.1146/annurev.genet.34.1.77}}</ref>
Unha característica definitoria dos factores de transcrición é que conteñen un ou máis [[dominio de unión ao ADN|dominios de unión ao ADN]], que se unen a secuencias específicas do ADN adxacentes aos xenes que regulan. <ref name="pmid2667136">{{cite journal | author = Mitchell PJ, Tjian R | title = Transcriptional regulation in mammalian cells by sequence-specific DNA binding proteins | journal = Science | volume = 245 | issue = 4916 | pages = 371–8 | year = 1989 | pmid = 2667136 | doi = 10.1126/science.2667136 }}</ref><ref name="pmid9121580">{{cite journal | author = Ptashne M, Gann A | title = Transcriptional activation by recruitment | journal = Nature | volume = 386 | issue = 6625 | pages = 569–77 | year = 1997 | pmid = 9121580 | doi = 10.1038/386569a0 }}</ref> Outras proteínas como os [[coactivador (xenética)|
== Conservación en diferentes organismos ==
Liña 23:
=== Regulación da transcrición basal ===
Nos [[eukarya|
=== Potenciación diferencial da transcrición ===
Liña 30:
==== Desenvolvemento ====
Moitos factores de transcrición nos organismos multicelulares están implicados no desenvolvemento. <ref name="pmid1424766">{{cite journal | author = Lobe CG | title = Transcription factors and mammalian development | journal = Current topics in developmental biology | volume = 27 | issue = | pages = 351–83 | year = 1992 | pmid = 1424766 | doi = 10.1016/S0070-2153(08)60539-6| url = | series = Current Topics in Developmental Biology | isbn = 978-0-12-153127-0 }}</ref> Respondendo a sinais (estímulos), estes factores de transcrición activan ou desactivan a transcrición dos xenes apropiados, o cal, á súa vez, permite que se produzan cambios na morfoloxía celular ou actividades necesarias para a determinación do destino da célula e a
==== Resposta a sinais intercelulares ====
Liña 60:
=== Localización nuclear ===
Nos eucariotas, os factores de transcrición, igual que a maioría das proteínas (unhas poucas transcríbense nas mitocondrias e cloroplastos), transcríbense no [[núcleo celular]], pero son despois traducidas no [[citoplasma]]. Moitas proteínas que son activas no núcleo conteñen un [[sinal de localización nuclear]] que serve para dirixilas ao núcleo. Para moitos factores de transcrición este é un punto chave na súa regulación. <ref name="pmid8314906">{{cite journal | author = Whiteside ST, Goodbourn S | title = Signal transduction and nuclear targeting: regulation of transcription factor activity by subcellular localisation | journal = Journal of Cell Science | volume = 104 | issue =4 | pages = 949–55 | year = 1993 | month = April | pmid = 8314906 | doi = }}</ref>
=== Activación ===
Liña 71:
=== Accesibilidade ao sitio de unión ao ADN ===
Nos eucariotas, o ADN está organizado xunto con proteínas [[histona]]s formando partículas compactas, chamadas [[nucleosoma]]s, nas que arredor de 147 [[par de bases|pares de bases]] do ADN dan dúas voltas arredor dun octámero central de histonas. O ADN dos nucleosomas é inaccesible para moitos factores de transcrición. Algúns factores de transcrición, denominados [[factor pioneiro|factores pioneiros]] poden malia todo unirse aos seus sitios de unión ao ADN no ADN nucleosómico. Para a maioría dos outros factores de transcrición, o nucleosoma debe ser activamente retirado por motores moleculares como os [[remodelación da cromatina|remodeladores da cromatina]]. <ref>{{cite journal |author=Teif V.B., Rippe K. |title=Predicting nucleosome positions on the DNA: combining intrinsic sequence preferences and remodeler activities |journal=Nucleic Acids Research|volume=37|issue=17|pages=5641–55|year=2009 |pmid=19625488 |pmc=2761276|doi=10.1093/nar/gkp610}}</ref> Alternativamente, o nucleosoma pode ser parcialmente desenrolado por flutuacións térmicas que permiten un acceso temporal ao sitio de unión do factor de transcrición. En moitos casos os factores de transcrición deben [[inhibición encimática|competir para unirse]] ao seu sitio de unión ao ADN con outros factores de transcrición e proteínas cromatínicas histonas e non histonas. <ref>{{cite journal |author=Teif V.B., Rippe K. |title=Statistical-mechanical lattice models for protein-DNA binding in chromatin |journal=Journal of Physics: Condensed Matter|year=2010|arxiv=1004.5514 |bibcode=2010JPCM...22O4105T |last2=Rippe |volume=22 |pages=4105 |doi=10.1088/0953-8984/22/41/414105 |issue=41}}</ref>
=== Dispoñibilidade doutros cofactores/factores de transcrición ===
Liña 81:
Os factores de transcrición teñen unha estrutura modular e conteñen os seguintes [[dominio proteico|dominios]]:<ref name="pmid9570129" />
* '''[[Dominio de unión ao ADN]]''' ('''DBD'''), que se une a secuencias específicas do ADN, chamadas [[amplificador (xenética)|amplificadores]] (''enhancers'') ou [[promotor (bioloxía)|promotores]], que son adxacentes aos xenes regulados.
* '''Dominio de transactivación''' ('''TAD'''), que contén sitios de unión para outras proteínas como os [[corregulador da transcrición|correguladores da transcrición]]. Estes sitios de unión
*
=== Dominio de transactivación ===
Liña 212:
Os factores de transcrición son importantes en medicina por dúas razóns: (1) as mutacións nestes factores poden ser asociados con determinadas enfermidades, e (2) os factores poden ser a diana de certos medicamentos.
=== Trastornos ===
Algunhas doenzas humanas están asociadas a mutacións nos factores de transcrición, debido aos seus importantes papeis no [[desenvolvemento]], [[sinalización celular|sinalización intercelular]], e [[ciclo celular]]. <ref name="isbn0-19-511239-3">{{
Moitos factores de transcrición son [[supresor de tumores|supresores de tumores]] ou [[oncoxene]]s, e, as mutacións ou a regulación anormal neles está asociada co [[cancro]]. Coñécense tres grupos de factores de transcrición que son importantes no cancro humano: (1) as familias [[NF-kappaB]] e [[factor de transcrición AP-1|AP-1]], (2) a familia [[proteína STAT|STAT]] e (3) os [[receptor de hormonas esteroides|receptores de hormonas esteroides]]. <ref name="pmid16475943">{{cite journal | author = Libermann TA, Zerbini LF | title = Targeting transcription factors for cancer gene therapy | journal = Curr Gene Ther | volume = 6 | issue = 1 | pages = 17–33 | year = 2006 | month = February | pmid = 16475943 | doi = 10.2174/156652306775515501| url = }}</ref>
Liña 261:
== Análise ==
Hai diferentes tecnoloxías aplicables para a análise de factores de transcrición. No nivel xenómico, utilízanse comunmente a [[secuenciación do ADN]] <ref>[http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez EntrezGene database]</ref> e a investigación de bases de datos. A versión proteica concreta do factor de transcrición pode detectarse utilizando [[anticorpo]]s específicos. A mostra detéctase coa técnica da [[western blot]]. Utilizando o
== Clases ==
Liña 271:
Hai tres clases de factores de transcrición segundo o seu mecanismo de acción:
* '''[[Factor de transcrición xeral|Factores de transcrición xeral]]'''. Están implicados na formación dun [[complexo de preiniciación da transcrición|complexo de preiniciación]]. Os máis comúns son: [[TFIIA]], [[TFIIB]], [[TFIID]], [[TFIIE]], [[TFIIF]], e [[TFIIH]]. Son ubicuos e interaccionan coa rexión núcleo (''core'') do [[promotor (xenética)|promotor]] que rodea o sitio de inicio da transcrición de todos os [[xene de clase II|xenes de clase II]]. <ref name="pmidc">{{cite journal | author = Orphanides G, Lagrange T, Reinberg D | title = The general transcription factors of RNA polymerase II | journal = Genes Dev. | volume = 10 | issue = 21 |pages = 2657–83 | year = 1996 | pmid = 8946909 | doi = 10.1101/gad.10.21.2657 }}</ref>
* '''Factores de transcrición que actúan ''augas arriba'' (''upstream'')'''. Son proteínas que se unen ''[[augas arriba]]'' (en dirección 5') do sitio de iniciación e estimulan ou reprimen a transcrición. Son máis ou menos o mesmo ca os '''factores de transcrición específicos''', porque varían considerablemente segundo en que [[secuencia de recoñecemento]] están presentes na proximidade do xene. <ref name=boron125-126>{{
{|class="wikitable"
Liña 325:
Os factores de transcrición clasifícanse con frecuencia baseándose na similaridade das súas secuencias e, por tanto, na [[estrutura terciaria]] dos seus dominios de unión ao ADN. Distínguense os seguintes grupos:<ref name="pmid15706513">{{cite journal | author = Stegmaier P, Kel AE, Wingender E | title = Systematic DNA-binding domain classification of transcription factors | journal = Genome informatics. International Conference on Genome Informatics | volume = 15 | issue = 2 | pages = 276–86 | year = 2004 | pmid = 15706513 | doi = | url = http://www.jsbi.org/journal/GIW04/GIW04F028.html }}</ref><ref name="pmid16381825">{{cite journal | author = Matys V, Kel-Margoulis OV, Fricke E, Liebich I, Land S, Barre-Dirrie A, Reuter I, Chekmenev D, Krull M, Hornischer K, Voss N, Stegmaier P, Lewicki-Potapov B, Saxel H, Kel AE, Wingender E | title = TRANSFAC® and its module TRANSCompel®: transcriptional gene regulation in eukaryotes | journal = Nucleic Acids Res. | volume = 34 | issue = Database issue | pages = D108–10 | year = 2006 | pmid = 16381825 | pmc = 1347505 | doi = 10.1093/nar/gkj143 }}</ref><ref>{{cite web|title=TRANSFAC database|url=http://www.gene-regulation.com/pub/databases/transfac/cl.html|accessdate = 2007-08-05}}</ref>
* 1 Superclase: Dominios básicos
** 1.1 Clase: Factores [[cremalleira de leucina]] ([[dominio bZIP|bZIP]])
*** 1.1.1 Familia: compoñentes do tipo [[AP-1 (factor de transcrición)|AP-1]]; como ([[c-Fos]]/[[c-Jun]])
*** 1.1.2 Familia: [[CREB]]
*** 1.1.3 Familia: factores do tipo [[proteínas de unión ao amplificador CCAAT|C/EBP]]
*** 1.1.4 Familia: bZIP / [[PAR (factor de transcrición)|PAR]]
*** 1.1.5 Familia: Factores de unión á caixa G de plantas
*** 1.1.6 Familía: ZIP só
** 1.2 Clase: Factores hélice-bucle-hélice ([[bHLH]])
*** 1.2.1 Familia: Factores ubicuos (clase A)
*** 1.2.2 Familia: Factores de transcrición mioxénica ([[MyoD]])
*** 1.2.3 Familia: Achaete-Scute
*** 1.2.4 Familia: Tal/Twist/Atonal/Hen
** 1.3 Clase: factores hélice-bucle-hélice / cremalleira de leucina ([[factores de transcrición hélice-bucle-hélice básica cremalleira de leucina|bHLH-ZIP]])
*** 1.3.1 Familia: Factores ubicuos bHLH-ZIP, como USF
*** 1.3.2 Familia: Factores que controlan o [[ciclo celular]], como [[Myc|c-Myc]]
** 1.4 Clase: NF-1
*** 1.4.1 Familia: NF-1
** 1.5 Clase: RF-X
*** 1.5.1 Familia: RF-X ([[RFX1|1]], [[RFX2|2]], [[RFX3|3]], [[RFX4|4]], [[RFX5|5]], [[RFXANK|ANK]])
** 1.6 Clase: bHSH
* 2 Superclase: dominios de unión ao ADN coordinadores de cinc
** 2.1 Clase: tipo [[dedo de cinc]] Cys4 do [[receptor nuclear]]
*** 2.1.1 Familia: [[receptor de hormonas esteroides|receptores de hormonas esteroides]]
*** 2.1.2 Familia: Factores de tipo [[receptor de hormonas tiroideas]]
** 2.2 Clase: diversos dedos de cinc Cys4
*** 2.2.1 Familia: [[factor de transcrición GATA|Factores GATA]]
** 2.3 Clase: Dominio dedo de cinc Cys2His2
*** 2.3.1 Familia: factores ubicuos, como [[TFIIIA]], [[factor de transcrición Sp1|Sp1]]
*** 2.3.2 Familia: Reguladores do ciclo celular / desenvolvemento, como [[Krüppel]]
*** 2.3.4 Familia: Factores grandes con propiedades de unión similares a NF-6B
** 2.4 Clase: clúster Cys6 cisteína-cinc
** 2.5 Clase: Dedos de cinc de composición alterna
* 3 Superclase: [[Hélice-xiro-hélice]]
** 3.1 Clase: [[Homeobox|Dominio homeo]]
*** 3.1.1 Familia: Dominio homeo só, como [[Ubx]]
*** 3.1.2 Familia: Factores con [[familia POU|dominio POU]], como [[factor de transcrición octámero|Oct]]
*** 3.1.3 Familia: Dominio homeo con rexión LIM
*** 3.1.4 Familia: Dominio homeo e motivos dedo de cinc
** 3.2 Clase: Caixa apareada (''paired box'')
*** 3.2.1 Familia: Apareada (''paired'') e dominio homeo
*** 3.2.2 Familia: Dominio apareado só
** 3.3 Clase: [[proteínas FOX|''Fork head'']] / [[factor de transcrición hélice alada|hélice alada]]
*** 3.3.1 Familia: Reguladores de desenvolvemento, como ''[[forkhead]]''
*** 3.3.2 Familia: Reguladores específicos de tecidos
*** 3.3.3 Familia: Factores que controlan o ciclo celular
*** 3.3.0 Familia: Outros reguladores
** 3.4 Clase: [[factor de choque térmico|Factores de choque térmico]]
*** 3.4.1 Familia: HSF
** 3.5 Clase: Cústeres de triptófano
*** 3.5.1 Familia: Myb
*** 3.5.2 Familia: Ets-type
*** 3.5.3 Familia: [[factor regulatorio do interferón|factores regulatorios do interferón]]
** 3.6 Clase: Dominio TEA (factor de amplificador transcricional)
*** 3.6.1 Familia: TEA ([[TEAD1]], [[TEAD2]], [[TEAD3]], [[TEAD4]])
* 4 Superclase: Factores de armazón beta con contactos no suco menor
** 4.1 Clase: RHR ([[dominio de homoloxía Rel|rexión de homoloxía Rel]])
*** 4.1.1 Familia: Rel/[[repetición de anquirina|anquirina]]; [[NF-κB|NF-kappaB]]
*** 4.1.2 Familia: [[anquirina]] só
*** 4.1.3 Familía: [[NFAT]] ('''N'''uclear '''F'''actor of '''A'''ctivated '''T'''-cells, ou factores nucleares de células T activadas), como [[NFATC1]], [[NFATC2]], [[NFATC3]])
** 4.2 Clase: STAT
*** 4.2.1 Familia: [[proteína STAT|STAT]]
** 4.3 Clase: p53
*** 4.3.1 Familia: [[p53]]
** 4.4 Clase: [[MADS-box|caixa MADS]]
*** 4.4.1 Familia: Reguladores de diferenciación, como ([[Mef2]])
*** 4.4.2 Familia: Respondedores de sinais externos, SRF ([[factor de resposta sérico]])
*** 4.4.3 Familia: Reguladores metabólicos (ARG80)
** 4.5 Clase: Factores de transcrición [[barril beta]] [[hélice alfa]]
** 4.6 Class: [[proteína de unión á TATA|proteínas de unión á TATA]]
*** 4.6.1 Familia: proteínas de unión á tata (TBP)
** 4.7 Clase: [[HMG-box]]
*** 4.7.1 Familia: [[xenes SOX]], [[SRY]]
*** 4.7.2 Familia: TCF-1 ([[HNF1A|TCF1]])
*** 4.7.3 Familia: relacionados con HMG2, [[proteína de recoñecemento 1 específica de estrutura|SSRP1]]
*** 4.7.5 Familia: MATA
** 4.8 Clase: Factores heteroméricos [[caixa CCAAT|CCAAT]]
*** 4.8.1 Familia: Factores heteroméricos CCAAT
** 4.9 Clase: Grainyhead
*** 4.9.1 Familia: Grainyhead
** 4.10 Clase: Factores con [[dominio choque frío]] (''Cold-shock domain'')
*** 4.10.1 Familia: csd
** 4.11 Clase: Runt
*** 4.11.1 Familia: Runt
* 0 Superclase: Outros factores de transcrición
** 0.1 Clase: Proteínas puño de cobre
** 0.2 Clase: HMGI(Y) ([[HMGA1]])
*** 0.2.1 Familia: HMGI(Y)
** 0.3 Clase: Dominio peto (''pocket'')
** 0.4 Clase: factores tipo E1A
** 0.5 Clase: Factores AP2/relacionados con EREBP
*** 0.5.1 Familia: [[Apetala 2|AP2]]
*** 0.5.2 Familia: EREBP
*** 0.5.3 Superfamilia: [[dominio de unión ao ADN B3|AP2/B3]]
**** 0.5.3.1 Familia: ARF
**** 0.5.3.2 Familia: ABI
**** 0.5.3.3 Familia: RAV
== Notas ==
{{listaref|2}}
== Véxase tamén ==
=== Outros artigos ===
* [[Proteína de unión ao ADN]]
* [[Inhibidor das proteínas de unión ao ADN]]
* [[Receptor nuclear]], un tipo de ligando que que activa factores de transcrición
=== Ligazóns externas ===
* MeshName - Transcription+Factors [http://www.nlm.nih.gov/cgi/mesh/2011/MB_cgi?mode=&term=Transcription+Factors]
* [http://generegulation.info/index.php?option=com_content&view=article&id=47&Itemid=64 Protein-DNA binding: data, tools & models ]
* {{cite web | url = http://transcriptionfactor.org/ | title = DBD: Transcription factor database Home | accessdate = 2008-03-02 | author = | authorlink = | coauthors = | date = | work = | publisher = | pages = | archiveurl = | archivedate = }}<ref name="pmid18073188">{{cite journal | author = Wilson D, Charoensawan V, Kummerfeld SK, Teichmann SA |title = DBD––taxonomically broad transcription factor predictions: new content and functionality | journal = Nucleic Acids Res. | volume = 36 | issue = Database issue | pages = D88–92 | year = 2008 | pmid = 18073188 | pmc = 2238844 |doi = 10.1093/nar/gkm964 }}</ref>
* {{cite web | url = http://8e.devbio.com/article.php?ch=5&id=39 | title = Transcription factors: DevBio on-line supplementary material to ''Developmental Biology'' | accessdate = 2008-03-02 | author = Gilbert FS | authorlink = | coauthors = | date = | work = | publisher = Sinauer Associates| pages = | archiveurl = | archivedate = }}<ref name="isbn0-87893-250-X">{{
* {{cite web | url = http://www.gene-regulation.com/pub/databases/transfac/cl.html | title = Transcription Factor Classification, A classification of transcription factors based on their DNA-binding domains | accessdate = 2008-03-02 | author = | authorlink = | coauthors = | date = 2002-10-01 | work = | publisher = BIOBASE GmbH | pages = | archiveurl = | archivedate = }}<ref name="pmid16381825">{{cite journal | author = Matys V, Kel-Margoulis OV, Fricke E, Liebich I, Land S, Barre-Dirrie A, Reuter I, Chekmenev D, Krull M, Hornischer K, Voss N, Stegmaier P, Lewicki-Potapov B, Saxel H, Kel AE, Wingender E | title = TRANSFAC and its module TRANSCompel: transcriptional gene regulation in eukaryotes | journal = Nucleic Acids Res. | volume = 34 | issue = Database issue | pages = D108–10 | year = 2006 | month = January | pmid = 16381825 | pmc = 1347505 | doi = 10.1093/nar/gkj143 | url = }}</ref>
* {{cite web | url = http://www.accessexcellence.org/RC/VL/GG/ecb/ecb_images/08_10_transcription_factors.jpg | title = Image of transcription factor function in humans | accessdate = 2008-03-02 | author = | authorlink = | coauthors = | date = | work = | publisher = Access Excellence, The National Health Museum| pages = | archiveurl = | archivedate = }} Figure 8-10 from ''Essential cell biology''.<ref name="isbn0-8153-3480-X">{{
{{listaref}}
|