Os cnidoblastos conteñen un orgánulo chamado cnidociste (que os hai de varios tipos), que xeralmente está constituído por unha cápsula con forma de bulbo que contén unha estrutura tubular oca enroscada. Os filamentos poden ter extremo aberto ou pechado acabado en dardo, en maza, ser uniforme, estar enrolados en espiral compacta, ter espiñas, conter substancias pegaxosas, e ter paredes máis ou menos finas. Os cnidocitos inmaduros denomínanse ás veces cnidoblastos, pero nalgunhas obras non se fai esa distinción. O lado orientado ao exterior da célula ten unha especie de pelo chamado cnidocilio, que serve de gatillo para disparar o cnidociste. Cando se activa este gatillo, a estrutura tubular do cinidocisto sae exectada a gran velocidade e no caso dos nematocistes penetrantes, o túbulo penetra no organismo que fixo disparar o mecanismo. Esta descarga non leva máis duns poucos [[microsegundo]]s, e pode acadar [[aceleración]]s dunhadunhas 40.000 [[forza g|''g'']].<ref name="Holstein+1984">{{cite journal | author =Holstein T., Tardent P. | title =An ultrahigh-speed analysis of exocytosis: nematocyst discharge | journal =Science | volume =223 | issue =4638 | pages =830–833 | year =1984 | url = | doi =10.1126/science.6695186 | pmid =6695186 | accessdate = 2012-11-11}}</ref><ref name="Kass-Simon+2002">{{cite journal | author =Kass-Simon G., Scappaticci A. A. Jr | title =The behavioral and developmental physiology of nematocysts | journal =Canadian Journal of Zoology | volume =80 | issue = | pages =1772–1794 | year =2002 | url =http://www.biochem.uci.edu/steele/Kass-Simon.pdf | doi =10.1139/Z02-135 | accessdate = 2012-10-25}}</ref> Investigacións recentes indican que o proceso ocorre en só 700 nanosegundos, e a aceleración chega a 5 410 000 ''g''.<ref name="Timm+2006">{{cite journal | author =Nüchter Timm, Benoit Martin, Engel Ulrike, Özbek Suat, Holstein Thomas W. | title =Nanosecond-scale kinetics of nematocyst discharge | journal =Current Biology | volume =16 | issue =9 | pages =R316–R318 | year =2006 | url =http://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(06)01422-9 | doi =10.1016/j.cub.2006.03.089 | accessdate = 2012-10-25}}</ref> Despois da penetración, o contido tóxico do nematociste inxéctase no organismo obxectivo, o que o paralizará ou matará e isto permitirá que os cnidarios o devoren. O líquido que está dentro do cnidociste contén aminoácidos e outros ácidos, algunhas proteínas, a miúdo con efectos tóxicos, e concentracións altas de [[péptido]]s como o [[ácido poli-gamma-glutámico]].
