Filoxenia molecular: Diferenzas entre revisións

Contido eliminado Contido engadido
Miguelferig (conversa | contribucións)
Miguelferig (conversa | contribucións)
Liña 17:
Nunha análise de sistemática molecular, os haplotipos están determinados por unha área definida do [[material xenético]]; utilízase unha mostra substancial de individuos da especie ou taxon estudado, aínda que moitos dos estudos actuais están baseados nun só individuo. Tamén se determinan os haplotipos de individuos de taxons estreitamente relacionadas, pero diferentes. Finalmente, tamén se determinan os haplotipos dun menor número de individuos dun taxon claramente distinto: estes denomínanse ''grupo externo''. Compáranse as secuencias de bases dos haplotipos. No caso máis simple, a diferenza entre dous haplotipos é avaliada contando o número de lugares onde teñen bases diferentes: isto denomínase número de ''substitucións'' (tamén poden producirse outro tipo de diferenzas entre os haplotipos, por exemplo a ''inserción'' dunha sección de secuencia xenética nun haplotipo que non está presente no outro). A diferenza entre oganismos é xeralmente re-expresada como ''porcentaxe de diverxencia'', ao dividir o número de substitucións polo número de pares de bases analizadas: a esperanza é que esta medida sexa independente da localización e da lonxitude da sección de ADN que é secuenciada.
 
Unha estratexisestratexia máis vella e xa superada era determinar a diverxencia entre os [[xenotipo]]s dos individuaos por [[hibridación ADN-ADN]]. A vantaxe que se consideraba que tiña usar a hibridación en vez da secuenciación de xenes era que está baseada no xenotipo enteiro e non só en pequenas seccións do ADN secuenciadas, pero as modernas técnicas de comparación de secuencias superaron esta obxección ao utilizaren moitas secuencias.
 
Unha vez que se determinaron as diverxencias entre todos os pares de mostras, a [[matriz triangular]] de diferenzas resultante é sometida a algunha forma de [[algoritmo de agrupamento]] estatístico, e o [[dendrograma]] resultante examínase para ver se o agrupamento de mostras se corresponde ou non co esperado segundo as ideas actuais sobre a taxonomía do grupo. Un grupo de haplotipos que son entre si máis similares que o que é calquera deles con respecto a outro haplotipo pode dicirse que constitúe un [[clado]]. Algunhas técnicas [[estatística]]s como o ''[[bootstrapping]]'' e o ''[[remostraxe (estatística)|Jackknife]]'' axudan a facer estimacións confiables das posicións dos haplotipos dentro das [[árbore evolutiva|árbores evolutivas]].