|
== Limitacións ==
[[Ficheiro:PhylogeneticTree horizontal transfers svg.svg|miniatura|350px|Árbore filoxenética na que se inclúen as transferencias horizontais de xenes.]]
AlthoughAínda phylogeneticque treesas producedárbores onfiloxenéticas theelaboradas basisbaseándose ofen sequencedxenes [[gene]]ssecuenciados orou [[genome|genomic]]datos dataxenómicos inde differentdiferentes speciesespecies canpoden providereflectir evolutionarya insightevolución desas especies, theyteñen havetamén importantimportantes limitationslimitacións. TheyPode doque notnon necessarilyrepresenten accuratelycon representexactitude thea evolutionaryhistoria historyevolutiva ofdos thetaxons incluídos includedno taxaestudo. TheOs datadatos onnos whichque theyestán arebaseados basedinclúen is [[signal noise|noisy]]"ruído"; thea analysisanálise canpode beconfundirse confounded bypola [[geneticrecombinación recombinationxenética]],<ref name=Arenas_2010>{{cite journal |author=Arenas M, Posada D |title=The effect of recombination on the reconstruction of ancestral sequences |journal=Genetics |volume=184 |issue=4 |pages=1133–1139 |year=2010 |doi=10.1534/genetics.109.113423 }}</ref> a [[transferencia horizontal genede transferxenes]],<ref name=Woese_2002>{{cite journal |author=Woese C |title=On the evolution of cells |journal=Proc Natl Acad Sci USA |volume=99 |issue=13 |pages=8742–7 |year=2002 |pmid=12077305 |doi=10.1073/pnas.132266999 |pmc=124369|bibcode = 2002PNAS...99.8742W }}</ref> a [[HybridHíbrido (biologybioloxía)|hybridhibridación]]isation betweenentre speciesespecies thatque werenon noteran nearestos neighborsveciños onmáis thepróximos treena beforeárbore hybridisationantes takesde placeque dita hibridación tivese lugar, [[convergentevolución evolutionconverxente]], ande [[conservedsecuencia conservada|secuencias sequenceconservadas]]s.
Tamén hai problemas cando a análise se basea nun só tipo de carácter, como un só xene ou proteína ou só en análises morfolóxicas, porque outras árbores construídas a partir doutros datos de fontes non relacionadas a miúdo difiren da primeira. Isto é especialmente certo con material xenético que está suxeito a transferencias laterais de xenes e recombinación, no que diferentes bloques de [[haplotipo]]s poden ter diferentes historias. En xeral, a árbore obtida nunha análise filoxenética é unha estimación da filoxenia dun ''carácter'' ou trazo (é dicir unha árbore dun xene) e non a filoxenia dun [[taxon]] (unha árbore de especies), aínda que, idealmente, ambos os dous deberían ser moi parecidos. Por esta razón, para minimizar estes problemas, os estudos filoxenéticos máis completos xeralmente usan unha combinación de xenes que proceden de diferentes fontes xenómicas (por exemplo, de [[mitocondria]]s ou [[plastidio]]s fronte a xenomas nucleares), ou xenes que se esperaría que evolucionasen baixo diferentes réximes selectivos, para que esa homoplasia (falsa [[homoloxía (bioloxía)|homoloxía]]) sexa improbable que se orixina por [[selección natural]].
Also, there are problems in basing the analysis on a single type of character, such as a single [[gene]] or [[protein]] or only on morphological analysis, because such trees constructed from another unrelated data source often differ from the first, and therefore great care is needed in inferring phylogenetic relationships among species. This is most true of genetic material that is subject to lateral gene transfer and [[Genetic recombination|recombination]], where different [[haplotype]] blocks can have different histories. In general, the output tree of a phylogenetic analysis is an estimate of the ''character'''s phylogeny (i.e. a gene tree) and not the phylogeny of the [[taxa]] (i.e. species tree) from which these characters were sampled, though ideally, both should be very close. For this reason, serious phylogenetic studies generally use a combination of genes that come from different genomic sources (e.g., from mitochondrial or plastid vs. nuclear genomes), or genes that would be expected to evolve under different selective regimes, so that homoplasy (false [[homology (biology)|homology]]) would be unlikely to result from natural selection.
Cando se inclúen nas árbores especies extintas, estas son nodos terminais (nodos folla), xa que é improbable que sexan os antepasados directos dalgunha especie existente. Cando se utilizan datos de ADN nas árbores, hai que ter en conta que pouco "[[ADN antigo]]" útil queda preservado durante máis de 100.000 anos.
When extinct species are included in a tree, they are [[leaf node|terminal node]]s, as it is unlikely that they are direct ancestors of any extant species. Skepticism might be applied when extinct species are included in trees that are wholly or partly based on DNA sequence data, due to the fact that little useful "[[ancient DNA]]" is preserved for longer than 100,000 years, and except in the most unusual circumstances no DNA sequences long enough for use in phylogenetic analyses have yet been recovered from material over 1 million years old.
A gama de materiais de ADN útiles aumentou cos avances nas tecnoloxías de extracción e secuenciación. O desenvolvemento de tecnoloxías capaces de inferir secuencias de pequenos fragmentos, ou de patróns espaciais de produtos da degradación do ADN, poderían ampliar máis a gama de ADN considerado útil.
The range of useful DNA materials has expanded with advances in extraction and sequencing technologies. Development of technologies able to infer sequences from smaller fragments, or from spatial patterns of DNA degradation products, would further expand the range of DNA considered useful.
Nalgúns organismos, os [[endosimbionte]]s teñen unha historia xenética independente do seu [[hóspede]].
In some organisms, [[endosymbiont]]s have an independent genetic history from the host.
Utilízanse as [[rede filoxenética|redes filoxenéticas]] cando as árbores bifurcadas non son as axeitadas, debido a estas complicacións que suxiren unha historia evolutiva máis reticulada dos organismos estudados.
[[Phylogenetic network]]s are used when bifurcating trees are not suitable, due to these complications which suggest a more [[reticulate]] evolutionary history of the organisms sampled..
==Notas==
| 