Árbore filoxenética: Diferenzas entre revisións

As árbores filoxenéticas entre un número non trivial de secuencias input constrúense usando métodos de [[filoxenética computacional]]. Métodos de matriz de distancia como [[neighbor-joining]] ou [[UPGMA]], que calculan a [[distancia xenética]] a partir de [[aliñamento de secuencias|aliñamentos de secuencia múltiple]] múltiple, son as máis simples para aplicar, pero non implican un modelo evolutivo. Moitos métodos de aliñamento de secuencias como [[ClustalW]] tamén crean árbores usando algoritmos máis simples (como os baseados na distancia) para a construción de árbores. A [[máxima parsimonia]] é outro método simple de facer estimación de árbores filoxenéticos, pero leva implícito un modelo de evolución (é dicir parsimonia). Ourtos métodos máis avanzados usan o [[criterio de optimalidade]] de [[máxima probabilidade]], a miúdo cunha [[inferencia Bayesiana|Rede Bayesiana]], e aplican un modelo explícito de evolución para a estimación dunha árbore filoxenética.<ref name="Felsenstein" /> A identificación da árbore óptima usando moitas destas técnicas é [[NP-duro]],<ref name="Felsenstein" /> así que a investigación [[heurística]] e os métodos de [[optimización (matemáticas)|optimización]] úsanse en combinación con funcións de contabilización de árbore para identificar unha árbore razoablemente bo que se corresponda cos datos.