Nos [[eucariota]]seucariotas, os factores de transcrición, igual que a maioría das proteínas (unhas poucas transcríbense nas mitocondrias e cloroplastos), transcríbense no [[núcleo celular]], pero son despois traducidas no [[citoplasma]]. Moitas proteínas que son activas no núcleo conteñen un [[sinal de localización nuclear]] que serve para dirixilas ao núcleo. Para moitos factores de transcrición este é un punto chave na súa regulación. <ref name="pmid8314906">{{cite journal | author = Whiteside ST, Goodbourn S | title = Signal transduction and nuclear targeting: regulation of transcription factor activity by subcellular localisation | journal = Journal of Cell Science | volume = 104 | issue =4 | pages = 949–55 | year = 1993 | month = April | pmid = 8314906 | doi = }}</ref> Importantes clases de factores de transcrición, como os [[receptor nuclear|receptores nucleares]] deben unirse primeiro a un [[ligando]] mentres están no citoplasma, para despois poder ser desprazados ao núcleo. <ref name="pmid8314906"/>
