A aconitase, como se mostra nas estruturas da dereita desta páxina, ten dúas estruturas lixeiramente diferentes, segundo se estáestea activada ou inactivada.<ref name="inactive structure">{{cite journal | author = Robbins AH, Stout CD | title = The structure of aconitase | journal = Proteins | volume = 5 | issue = 4 | pages = 289–312 | year = 1989 | pmid = 2798408 | doi = 10.1002/prot.340050406 | url = }}</ref><ref name="active structure">{{cite journal | author = Robbins AH, Stout CD | title = Structure of activated aconitase: formation of the [4Fe-4S] cluster in the crystal | journal = Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. | volume = 86 | issue = 10 | pages = 3639–43 | year = 1989 | month = May | pmid = 2726740 | pmc = 287193 | doi = 10.1073/pnas.86.10.3639 }}</ref> Na forma inactiva, a súa estrutura está dividida en catro [[dominio proteico|dominios]].<ref name = "inactive structure"/> Empezando polo extremo [[N terminal]], só os tres primeiros dominios están implicados en interaccións próximas co ''cluster'' [3Fe-4S], pero o [[sitio activo]] consta de residuos pertencentes aos catro dominios, incluído o dominio [[C terminal]] máis grnade.<ref name = "inactive structure"/> Tamén se encontran no sitio activo o ''cluster'' de ferro-xofre e un anión SO<sub>4</sub><sup>2-</sup>.<ref name = "inactive structure"/> Cando se activa o encima, capta un átomo de ferro adicional, creando un ''cluster'' [4Fe-4S].<ref name = "active structure" /><ref name="extra structure">{{cite journal | author = Lauble H, Kennedy MC, Beinert H, Stout CD | title = Crystal structures of aconitase with isocitrate and nitroisocitrate bound | journal = Biochemistry | volume = 31 | issue = 10 | pages = 2735–48 | year = 1992 | month = March | pmid = 1547214 | doi = 10.1021/bi00125a014 }}</ref> Porén, a estrutura do resto do encima case non cambia; os átomos conservados estre estas dúas formas están esencialmente nas mesmas posicións, con diferenzas de só 0,1 [[angstrom]].<ref name = "active structure"/>
