ARN transferente-mensaxeiro: Diferenzas entre revisións
Contido eliminado Contido engadido
Liña 36:
[[Ficheiro:EsccolitmRNA2009.png|miniatura|dereita|300px|Estrutura secundaria do ARNtm de ''E. coli''. Móstranse os extremos 5' e 3' da cadea de ARN de 363 nucleótidos numerada de 10 en 10 nucleótidos. As liñas curtas indican apareamentos de Watson-Crick (G-C e A-U); os puntos son aparemanetos G-U. Son tamén evidentes os dominios similares aos do ARNt (TLD), a rexión similar ao ARNm (MLR), e os catro [[pseudonó]]s (de pk1 a pk4). O MLR codifica o péptido etiqueta entre os codóns de parada e de reinicio. As hélices do ARN (numeradas do 1 ao 12) e as súas seccións (letras) están en gris.]]
A estrutura secundaria do ARNtm completo de ''E. coli'' foi dilucidada por análise de secuencia comparativo e sondaxe estrutural con encimas e axentes químicos.<ref>{{cite journal |author=Williams KP, Bartel DP |title=Phylogenetic analysis of tmRNA secondary structure |journal=RNA |volume=2 |issue=12 |pages=1306–10 |year=1996 |month=December |pmid=8972778 |pmc=1369456 |doi= |url=http://www.rnajournal.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=8972778 |accessdate=2010-07-14}}</ref><ref>{{cite journal |author=Felden B, Himeno H, Muto A, McCutcheon JP, Atkins JF, Gesteland RF |title=Probing the structure of the Escherichia coli 10Sa RNA (tmRNA) |journal=RNA |volume=3 |issue=1 |pages=89–103 |year=1997 |month=January |pmid=8990402 |pmc=1369465 |doi= |url=http://www.rnajournal.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=8990402 |accessdate=2010-07-14}}</ref> As [[par de bases|pares de bases]] de Watson-Crick e G-U identificáronse ao comparar as secuencias de ARNtm bacterianas utilizando métodos computacionais automatizados en combinación con procedementos de alineamento de secuencia manual.<ref name="Zwieb99">{{cite journal |author=Zwieb C, Wower I, Wower J |title=Comparative sequence analysis of tmRNA |journal=Nucleic Acids Res |volume=27 |issue=10 |pages=2063–71 |year=1999 |pmid=10219077 |doi=10.1093/nar/27.10.2063 |pmc=148424}}</ref><ref>{{cite journal |author=Andersen ES, Lind-Thomsen A, Knudsen B, ''et al.'' |title=Semiautomated improvement of RNA alignments |journal=RNA |volume=13 |issue=11 |pages=1850–9 |year=2007 |month=November |pmid=17804647 |pmc=2040093 |doi=10.1261/rna.215407 |url=http://www.rnajournal.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=17804647 |accessdate=2010-07-14}}</ref> A figura mostra o patrón de pares de bases deste ARNtm prototípico, que está organizado en 12 hélices
Unha característica salientable de todos os ARNtm é a conservación do dominio de tipo ARNt (TLD), composto das hélices 1, 12, e 2a (análogos, rspectivamente, do talo aceptor do ARNt, do talo T e do talo variable), que conteñen os extremos 5' monofosfato e o 3' CCA para a unión da alanina. A rexión de tipo ARNm (MLR) é no ARNtm estándar un grande bucle que contén [[pseudonó]]s e unha secuencia codificante (CDS) para o péptido etiqueta, marcado polo codón de reinicio e o codón de parada. O péptido etiqueta codificado (que é o ANDENYALAA en ''E. coli'') varía entre as bacterias, quizais dependendo do conxunto de [[protease]]s e adaptadores dispoñibles.<ref name="Gur08">{{cite journal |author=Gur E, Sauer RT |title=Evolution of the ssrA degradation tag in Mycoplasma: specificity switch to a different protease |journal=Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. |volume=105 |issue=42 |pages=16113–8 |year=2008 |month=October |pmid=18852454 |pmc=2570983 |doi=10.1073/pnas.0808802105 |url=http://www.pnas.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=18852454 |accessdate=2010-07-14}}</ref>
| |||