Na década de 1830, o microscopista alemán C.G. Ehrenberg examinando moitas mostras de auga e [[plancto]], propuxo varios xéneros de dinoflaxelados que aínda se usan hoxe, como ''Peridinium, Prorocentrum'' e ''Dinophysis''.
Estes dinoflaxelados foron situados por [[Otto Bütschli]] en 1885 nona orde de [[flaxelado]]s Dinoflagellida. <ref>Bütschli O. (1885) 3. Unterabtheilung (Ordnung) Dinoflagellata. – In: Dr. H.G. Bronn’s Klassen und Ordnungen des Thier-Reichs, wissenschaftlich dargestellt in Wort und Bild. Erster Band Protozoa. – C.F. Winter’sche Verlagshandlung, Leipzig und Heidelberg. Pp. 906-1029; Pl.</ref> Os botánicos tratáronos como unha división das algas, que denominaron '''Pyrrhophyta''' ("algas de lume" en grego) debido ás formas [[bioluminescencia|bioluminescentes]] do grupo, ou '''Dinophyta'''. En diversos momentos, as clasificacións incluíron entre eles ás [[criptomónada]]s, [[ebriída]]s, e [[ellobiópsida]]s, pero só as últimas se consideran hoxe emparentadas con eles. Os dinoflaxelados teñen a capacidade de transformarse de formas non formadoras de cistos a formadoras, o cal fai que tracexar a súa historia evolutiva sexa moi difícil.
