A ''[[secuenciación por hibridación]]'' é un método non encimático que usa unha [[micromatriz de ADN]]. Etiquétase fluorecentementefluorescentemente un só conxunto de ADNs cuxa secuencia se pretende determinar e hibrídase cunha matriz que contén secuencias coñecidas. Os fortes sinais que indican hibridación procedentes dun determinado punto da matriz serven para identificar a súa secuencia no ADN que se está a secuenciar.<ref>{{cite journal |author=Hanna GJ |title=Comparison of Sequencing by Hybridization and Cycle Sequencing for Genotyping of Human Immunodeficiency Virus Type 1 Reverse Transcriptase |journal=J. Clin. Microbiol. |volume=38 |issue=7 |pages=2715–21 |date=1 July 2000|pmid=10878069 |pmc=87006 |url=http://jcm.asm.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=10878069 |author-separator=, |author2=Johnson VA |author3=Kuritzkes DR |display-authors=3 |last4=Richman |first4=DD |last5=Martinez-Picado |first5=J |last6=Sutton |first6=L |last7=Hazelwood |first7=JD |last8=d'Aquila |first8=RT }}</ref>
