[[Ficheiro:Schematic diagram showing Polyclonal Response by B cells against Linear Epitopes.PNG|miniatura|300px| Recoñecemento de epitopos de tipo liñal. Nota: os segmentos da mesma cor da proteína poden formar parte de máis dun epitopo.]]
[[Ficheiro:Recognition of conformational epitopes by B cells.PNG|miniatura|300px|dereita| Recoñecemento de epitopos conformacionais polas células B. Nótese como segmentos que estaban moi separados na estrutura primaria quedan en contacto na estrutura terciaria tridimensional, formando parte do mesmo epitopo.<ref name=goldsby3Goldsby/>]]
Os epitopos dos antíxenos proteicos divídense en dúas categarías: epitopos conformacionais e epitopos liñais. Esta división está baseada na súa estrutura e a interaccíón co paratopo.<ref>{{cite doi|10.1186/1471-2172-7-7}}</ref>
Un '''epitopo conformacional''' está composto por seccións descontinuasque non van seguidas da secuencia de [[aminoácido]]s do antíxeno, pero que polo pregamento ou disposición da proteína están próximas orixinando un determinado releve. Estes epitopos interaccionan co paratopo precisamente debido ao releve superficial da súa estrutura tridimensional do antíxeno (estrutura terciaria).
PoloA contrariodiferenza dos anteriores, os '''epitopos liñais''' interaccionan co paratopo segundo a súa secuencia de aminoácidos ou [[estrutura primaria das proteínas|estrutura primaria]]. Un epitopo liñal está formado por unha secuencia continua de aminoácidos do antíxeno. As proteínas que funcionan como antíxenos son procesadas na célula e convertidas en [[péptido]]s pequenos, que son os que son despois ""[[presentación do antíxeno|presentados]]" na superficie celular unidos ás moléculas [[MHC]], polo que a secuencia dos epitopos liñais é a secuencia liñal de aminoácidos destes péptidos.<ref name=Goldsby> Goldsby, Richard; Kindt, TJ; Osborne, BA; Janis Kuby (2003). "Antigens (Chapter 3)". Immunology (Fifth edition). New York: W. H. Freeman and Company. pp. 57–75. ISBN [[Special:BookSources/00716749475|00716749475]]. </ref>
