O núcleo do péptido sinal contén unha longa extensión con aminoácidos[[aminoácido]]s hidrofóbicos[[hidrofóbico]]s que teñen a tendencia a formar unha sossoa [[hélice alfa]]. Ademais, moitos péptidos sinal empezan cun tramo curto de aminoácidos cargados positivamente, que pode axudar a forzar a que o polipéptido adopte a correcta topoloxía durante a translocación, polo que se coñece como o regra do "positivo dentro". Ao final do péptido sinal hai xeralmente un grupo de aminoácidos que é recoñecido e clivado (cortado) por unha [[sinal peptidase]]. Porén, este sitio de clivaxe está ausente nos dominios transmembrana que serven como péptidos sinal, os cales se denominan ás veces secuencias áncora sinal. A sinal peptidase pode clivar durante ou despois de que se completa a translocación para xerar un péptido sinal libre e a proteína madura. Os péptidos sinal cortados que quedan libres son dixeridos por [[protease]]s específicas.
