Existiu durante longo tempo unha gran confusión sobre como os viroides poden inducir [[síntoma]]s nas plantas sen teren a capacidade de codificación de proteínas nos seus ARN. Agora, diversas evidencias suxiren que neste proceso está implicado o [[silenciamento por ARN]] ([[interferencia por ARN]]). En primeiro lugar, cambios no [[xenoma]+] do viroide poden alterar draticamentedramaticamente a súa [[virulencia]]. <ref>{{cite journal |author=Elizabeth Dickson, Hugh D. Robertson, C. L. Niblett, R. K. Horst & Milton Zaitlin |title=Minor differences between nucleotide sequences of mild and severe strains of potato spindle tuber viroid |year=1979 |journal=Nature |volume=277 |pages=60–62 |doi=10.1038/277060a0 |issue=5691}}</ref> Isto reflicte o feito de que calquera [[siRNA]] (ARN interferente pequeno) producido tería unha menor complementariedade de bases para emparellarse co [[ARNm]] diana. En segundo lugar, foron illados das plantas infectadas [[siRNA]]s correspondentes con secuencias de xenomas de viroides. <ref>{{cite journal |author=Papaefthimiou I, Hamilton A, Denti M, Baulcombe D, Tsagris M, Tabler M |title=Replicating potato spindle tuber viroid RNA is accompanied by short RNA fragments that are characteristic of post-transcriptional gene silencing |journal=Nucleic Acids Res. |volume=29 |issue=11 |pages=2395–400 |year=2001 |pmid=11376158 |doi=10.1093/nar/29.11.2395 |pmc=55696}}</ref> Finalmente, a expresión [[transxénico|transxénica]] do [[hpRNA]] (''hairpin RNA''' ou ARN forquita) non infeccioso do [[viroide do tubérculo afusado da pataca]] produce na planta todos os síntomas da infección polo viroide. <ref>{{cite journal |author=Wang MB, Bian XY, Wu LM, ''et al.'' |title=On the role of RNA silencing in the pathogenicity and evolution of viroids and viral satellites |journal=Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. |volume=101 |issue=9 |pages=3275–80 |year=2004 |pmid=14978267 |doi=10.1073/pnas.0400104101 |last12=Dennis |first12=ES |last13=Waterhouse |first13=PM |pmc=365780}}</ref>
Estas evidencias indican que cando os viroides se replican por medio dun ARN bicatenario intermediario, son procesados polo encima [[dicer]] e cortados formando siRNAs que son despois incorporados no [[complexo silenciador inducido por ARN]]. Os siRNAs dos viroides en realidade conteñen secuencias que poden unirse complementariamente por apareamento de bases cos ARNm da propia planta, e a indución da degradación ou a inhibición da tradución é o que causa os síntomas clásicos producidos polos viroides.
