Elemento SECIS: Diferenzas entre revisións

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Liña 5:
Nas [[bacteria]]s o elemento SECIS está situado pouco despois do codón UGA ao que afecta. Nas [[arquea]]s e [[eucariota]]s aparece na rexión [[3' UTR]] dos [[ARNm]], e pode facer que múltiples codóns UGA do ARNm pasen a codificar selenocisteína. Atopouse un elemento SECIS de arqueas, en ''[[Methanococcus]],'' que está localizado na rexión [[5' UTR]].
 
O elemento SECIS está defininido polas características da súa secuencia, é dicir, determinados nucleótidos tenden a ocupar determinadas posicións nel, e unha estrutura secundaria característica. A estrutura secundaria é o resultado do emparellamento de bases complementarias dos nucleótidos do [[ARN]], e causa a formación dunha estrutura similar a unha forquita. O elemento SECIS eucariótico inclúe [[par de bases|pares de bases]] [[adenina|A]]-[[guanina|G]] non-canónicos, o cal é pouco común na natureza, pero que son fundamentais para o funcionamento correcto do elemento SECIS. Aínda que os elementos SECIS de eucariotas, arqueas e bacterias comparten a mesma estrutura xeral en forquita, non son todos aliñables; por exemplo, un esquema baseado no aliñamento para recoñecer os elementos SECIS eucarióticos non servirça para recoñecer un elemento SECIS de arqueas.
The SECIS element appears defined by sequence characteristics, i.e. particular nucleotides tend to be at particular positions in it, and a characteristic [[secondary structure]]. The secondary structure is the result of base-pairing of complementary [[RNA]] nucleotides, and causes a hairpin-like structure. The eukaryotic SECIS element includes non-canonical A-G base pairs, which are uncommon in nature, but are critically important for correct SECIS element function. Although the eukaryotic, archaeal and bacterial SECIS elements each share a general hairpin structure, they are not alignable, e.g. an alignment-based scheme to recognize eukaryotic SECIS elements will not be able to recognize archaeal SECIS elements.
 
InEn [[bioinformaticsbioinformática]], severalforon computercreados programsvarios haveprogramas beeninformáticos createdpara thatbuscar search forelementos SECIS elements within anun [[genomexenoma]] sequence, basedbaseados onna thesecuencia sequencee andestrutura secondarysecundaria structurecaracterística characteristicsdestes of SECIS elementselementos. Estes Theseprogramas programsutilizáronse havena beenprocura usedde innovas searches for novel selenoproteins[[selenoproteína]]s. <ref name="pmid=12458087">{{cite journal | last = Lambert | first = A | coauthors = Lescure A, Gautheret D | year = 2002 | title = A survey of metazoan selenocysteine insertion sequences | journal = Biochimie | volume = 84 | pages = 953&ndash;959 | pmid = 12458087 | doi = 10.1016/S0300-9084(02)01441-4 | issue = 9}}</ref>
 
==Distribución nas especies==
TheOs elementos SECIS elementencóntranse isnunha foundgrande invariedade ade wideorganismos varietypertencentes ofaos organismstres fromdominios allda three domains of lifevida (includingincluíndo theiros virusesseus virus). <ref name="pmid=12458087"/><ref name="pmid17169995">{{cite journal | author = Mix H, Lobanov AV, Gladyshev VN | title = SECIS elements in the coding regions of selenoprotein transcripts are functional in higher eukaryotes | journal = Nucleic Acids Res. | volume = 35 | issue = 2 | pages = 414–23 | year = 2007 | pmid = 17169995 | doi = 10.1093/nar/gkl1060 | pmc = 1802603 }}</ref><ref name="pmid16766053">{{cite journal | author = Cassago A, Rodrigues EM, Prieto EL, ''et al.'' | title = Identification of Leishmania selenoproteins and SECIS element | journal = Mol. Biochem. Parasitol. | volume = 149 | issue = 2 | pages = 128–34 | year = 2006 | pmid = 16766053 | doi = 10.1016/j.molbiopara.2006.05.002 }}</ref><ref name="pmid15659354">{{cite journal | author = Mourier T, Pain A, Barrell B, Griffiths-Jones S | title = A selenocysteine tRNA and SECIS element in Plasmodium falciparum | journal = RNA | volume = 11 | issue = 2 | pages = 119–22 | year = 2005 | pmid = 15659354 | doi = 10.1261/rna.7185605 | pmc = 1370700 }}</ref><ref name="pmid=12775843">{{cite journal | author=G. V. Kryukov, S. Castellano, S. V. Novoselov, A. V. Lobanov, O. Zehtab, R. Guigó, and V. N. Gladyshev | title=Characterization of mammalian selenoproteomes | journal=Science | year=2003 | volume=300 | issue=5624 | pages= 1439–1443 | doi=10.1126/science.1083516 | pmid=12775843}}</ref><ref name="pmid=15105824">{{cite journal | author=Gregory V. Kryukov and Vadim N. Gladyshev | title=The prokaryotic selenoproteome | journal=EMBO Rep | year=2004 | volume=5 | issue=5 | pages= 538–543 | doi=10.1038/sj.embor.7400126 | pmid=15105824 | pmc=1299047}}</ref><ref name="pmid=12457564">{{cite journal | author=Alain Krol | title=Evolutionarily different RNA motifs and RNA-protein complexes to achieve selenoprotein synthesis | journal=Biochimie | year=2002 | volume=84 | issue=8 | pages= 765–774 | doi=10.1016/S0300-9084(02)01405-0 | pmid=12457564}}</ref>
 
==Notas==