As orixes biolóxicas dos intróns son escuras. Despois do seu descubrimento inicial en xenes que codificaban proteínas do núcleo eucariótico, houbo un intenso debate sobre se os intróns dos organismos actuais foran herdados dun devanceiro común (o que se denomina a hipótese dos intróns temperáns), ou se apareceron en xenes bastante recentes evolutivamente (o que se denomina hipótese dos intróns tardíos). Outra teoría é que o [[espliceosoma]] e a estrutura intrón-exón dos xenes é un relicto dun primixenio [[mundo de ARN]] (o que se denomina hipótese dos intróns primeiro).<ref>{{cite journal | pmid = 19777149 | doi=10.1007/s00239-009-9279-5 | volume=69 | issue=5 | title=An overview of the introns-first theory | year=2009 | month=November | pages=527–40 | author=Penny D, Hoeppner MP, Poole AM, Jeffares DC | journal = Journal of Molecular Evolution}}</ref> Hai aínda un considerable debate sobre cal destas hipóteses é máis correcta. A opinión máis admitida polo momento é que os intróns xurdiron na liñaxe eucariota como elementos egoístas.
Os primeiros estudos de secuencias de ADN xenómico de numerosos organismos mostraron que a estrutura exón-intrón de xenes homólogos de diferentes organismos podía variar amplamente.<ref>{{cite journal | author = Rodríguez-Trelles F, Tarrío R, Ayala FJ | year = 2006 | title = Origins and evolution of spliceosomal introns | url = | journal = Annu. Rev. Genet | volume = 40 | issue = | pages = 47–76 | doi = 10.1146/annurev.genet.40.110405.090625 | pmid = 17094737 }}</ref> Pero estudos máis recentes de [[xenoma]]s enteiros de [[ácidodesoxirribonucleicocélula eucariótica|eucariota]]s indican agora que a lonxitude e a densidade (intróns/xene) dos intróns varía considerablemente entre especies relacionadas. Por exemplo, mentres o xenoma humano contén unha media de 8,4 intróns/xene (139.418 en total no xenoma), o fungo unicelular [[Encephalitozoon cuniculi]] contén só 0,0075 intróns/xene (15 intróns en total no xenoma).<ref>{{cite journal | pmid = 12775832 | doi=10.1126/science.1080559 | volume=300 | issue=5624 | title=Eukaryotic intron loss | year=2003 | month=May | pages=1393–1393 | author=Mourier T, Jeffares DC | journal = Science}}</ref> Como os eucariotas xurdiron dun antepasado común, debeu haber unha considerable ganancia e/ou perda de intróns durante a evolución.<ref>{{cite journal | pmid = 16485020 | doi=10.1038/nrg1807 | volume=7 | issue=3 | title=The evolution of spliceosomal introns: patterns, puzzles and progress | year=2006 | month=March | pages=211–21 | author=Roy SW, Gilbert W | journal = Nature Reviews Genetics}}</ref><ref>{{cite journal | pmid = 12868602 | volume=118 | issue=2–3 | title=The emergence of a synthetic theory of intron evolution | year=2003 | month=July | pages=117–21 | author=de Souza SJ | journal = Genetica | doi = 10.1023/A:1024193323397}}</ref> Este proceso pénsase que está suxeito a selección, cunha tendencia cara á ganancia nas especies de maior tamaño debido aos seus tamaños de poboación menores, e o contrario nas especies pequenas (particularmente unicelulares).<ref>{{cite journal | pmid = 11983904 | doi=10.1073/pnas.092595699 | volume=99 | issue=9 | title=Intron evolution as a population-genetic process | pmc=122912 | year=2002 | month=April | pages=6118–23 | author=Lynch M | journal = Proceedings of the National Academy of Sciences}}</ref> Os factores biolóxicos tamén inflúen na perda ou acumulación de intróns determinados nos xenomas.<ref>{{cite journal | pmid = 16290250 | doi=10.1016/j.tig.2005.10.006 | volume=22 | issue=1 | title=The biology of intron gain and loss | year=2006 | month=January | pages=16–22 | author=Jeffares DC, Mourier T, Penny D | journal = Trends in Genetics}}</ref><ref>{{cite journal | pmid = 18586348 | doi=10.1016/j.tig.2008.05.006 | volume=24 | issue=8 | title=Rapidly regulated genes are intron poor | year=2008 | month=August | pages=375–8 | author=Jeffares DC, Penkett CJ, Bähler J | journal = Trends in Genetics}}</ref><ref>{{cite journal | pmid = 12134150 | doi=10.1038/ng940 | volume=31 | issue=4 | title=Selection for short introns in highly expressed genes | year=2002 | month=August | pages=415–8 | author=Castillo-Davis CI, Mekhedov SL, Hartl DL, Koonin EV, Kondrashov FA | journal = Nature Genetics}}</ref>
O [[splicing alternativo]] de intróns nun xene introduce unha maior variabilidade de secuencias de proteínas traducidas a partir dun só xene, o que permite que se xeren múltiples proteínas relacionadas a partir do mesmo xene e do mesmo ARNm precursor. O control do splicing alternativo do ARN lévao a cabo unha complexa rede de moléculas sinaladoras que responden a unha ampla gama de sinais intracelulares e extracelulares.
