Iniciou a súa carreira no ano [[1997]] en [[Club Nacional de Football|Nacional]], club no que gañou osa [[CampionatoPrimeira UruguaioDivisión de Fútbol|campionatos uruguaiosUruguai]] de [[1998]], [[2000]], [[2001]] e [[2002]]. Ademais, Munúa é o meta que posúe o récord de portería invicta en Nacional: 963 minutos.
OsEn dousagosto gardametasde do[[2003]] fichou polo [[Deportivo da Coruña]] cun contrato de seis anos,<ref>[http://www.uefa.com/uefachampionsleague/news/newsid=95003.html Gustavo"Deportivo dive in for Munúa"]</ref> onde loitou por gañar a titularidade: primeiro entre 2003 e 2006 foi o suplente do internacional español [[DuduJosé AouateFrancisco Molina]]. Posteriormente, protagonizaronentre un2006 lamentablee incidente2008, oenfrentouse á dura competencia de [[Dudu Aouate]]. O [[11 de xaneiro]] de [[2008]].Paraos dous gardametas do Deportivo protagonizaron un lamentable incidente: para sorpresa de Aouate, Munúa golpeaogolpeouno cun puñazo no ollo, ao finalizar un adestramento.<ref>[http://www.20minutos.es/noticia/332610/0/deportivo/pelea/aouate/ "Aoute e Munúa pelexan durante un adestramento."]</ref> A instancia dunha denuncia realizada polo fiscal, o Xuíz de [[Betanzos]] condenouno a seis meses de cárcere por agresión, conmutables por unha multa de 3.650 euros[[euro]]s.<ref>[http://www.elpais.com/articulo/deportes/meses/carcel/Munua/agresion/Aouate/elpepidep/20080124elpepidep_4/Tes "Seis meses de cárcere para Munúa pola agresión a Aouate."]</ref> Estes feitos supuxeron o afastamento dos dous metas do primeiro equipo por parte do adestrador, [[Miguel Ángel Lotina]]. En febreiro, debido á inexperiencia do porteiro do equipo filial [[Fabricio Agosto Ramírez|Fabri]], ambos xogadores foron reintegrados no equipo, e o israelí recuperou o posto de titular.▼
En [[2003]] emigra ao fútbol español, máis precisamente ao [[Deportivo da Coruña]], equipo no que pasa 6 anos nos que non chega a destacar e no que xoga o papel de segundo porteiro.
En xuño de 2009 firmafirmou por un ano co [[Málaga CF]]<ref>[http://www.marca.com/2009/06/27/futbol/equipos/malaga/1246103466.html "El Málaga ficha al meta uruguayo Munúa"] Diario Marca</ref>, club ao que chegachegou coa carta de liberdade ao non renovar co Deportivo.▼
▲Os dous gardametas do Deportivo da Coruña, Gustavo e [[Dudu Aouate]], protagonizaron un lamentable incidente o [[11 de xaneiro]] de [[2008]]. Para sorpresa de Aouate, Munúa golpeao cun puñazo no ollo, ao finalizar un adestramento.<ref>[http://www.20minutos.es/noticia/332610/0/deportivo/pelea/aouate/ Aoute e Munúa pelexan durante un adestramento.]</ref> A instancia dunha denuncia realizada polo fiscal, o Xuíz de [[Betanzos]] condenouno a seis meses de cárcere por agresión, conmutables por unha multa de 3.650 euros.<ref>[http://www.elpais.com/articulo/deportes/meses/carcel/Munua/agresion/Aouate/elpepidep/20080124elpepidep_4/Tes Seis meses de cárcere para Munúa pola agresión a Aouate.]</ref> Estes feitos supuxeron o afastamento dos dous metas do primeiro equipo por parte do adestrador, [[Miguel Ángel Lotina]].
O [[6 de agosto]] de [[2010]] se confírmaseconfirmouse a súa fichaxe polo [[Levante UD]] para a tempada [[Primeira división española 2010/11|2010–11]].▼
▲En xuño de 2009 firma por un ano co [[Málaga CF]]<ref>[http://www.marca.com/2009/06/27/futbol/equipos/malaga/1246103466.html "El Málaga ficha al meta uruguayo Munúa"] Diario Marca</ref>, club ao que chega coa carta de liberdade ao non renovar co Deportivo.
▲O [[6 de agosto]] de [[2010]] se confírmase a súa fichaxe polo [[Levante UD]] para a tempada [[Primeira división española 2010/11|2010–11]].
