A primeira modificación do polímero é a N-desacetilación/N-sulfatación de residuos de N-acetilglicosamina á forma sulfatada GlcNS. Isto é un prerrequisito para todas as subseguintes reaccións de modificación, e lévano a cabo un ou máis membros dunha familia de catro encimas GlcNAc"N-acetilglicosamina N-desacetilase/N-sulfotransferase" (NDSTs). Nos primeiros estudos realizados, observouse que os encimas modificadores podían recoñecer e actuar sobre calquera residuo N-acetilado do polímero en formación.<ref>{{cite journal | author=Höök, M. | title=Biosynthesis of heparin. Studies on the microsomal sulfation process | journal=J. Biol. Chem. | year=1975 | volume=250 | pages=6065–71 | pmid=807579 | issue=15 | display-authors=1 | last2=Lindahl | first2=U | last3=Hallén | first3=A | last4=Bäckström | first4=G}}</ref> Por tanto, a modificación de residuos de N-acetilglicosamina debería acorrerocorrer aleatoriamente por toda a cadea. Porén, no heparán sulfato, os residuos N-sulfatados están principalmente agrupados e separados por rexións de N-acetilación nas que a N-acetilglicosamina permanece sen modificar.
