Marco aberto de lectura: Diferenzas entre revisións

Os ORFs utilízanse para buscar [[xene]]s que codifican proteínas en secuencias de nucleótidos <ref name=deonier2005p25>[[#deonier2005|Deonier 2005]], p. 25</ref>. A procura de ORFs está facilitada polo uso de ferramentas bioinformáticas, que utilizan algoritmos que buscan os codóns de inicio ou parada. Cando se encontra un ORF é un bo indicio de que a secuencia pode ser un xene, do cal o ORF formará parte. O descubrimento dun codón de parada nunha secuencia non é por si só indicio de que hai alí un xene, xa que o codón de parada pode formarse por pura casualidade (nunha secuencia con igual cantidade de nucleótidos de cada clase é esperable que apareza un codón de parada de forma aleatoria unha vez cada 25 codóns). As ORF que conteñen xenes son xeralmente longas, duns 300-400 codóns, o que é suficiente para o tamaño típico dunha proteína. Se son moi curtas non soen ser xenes. É máis doado atopalas en [[procariota]]s ca en [[eucariota]]s, xa que estes últimos teñen [[intrón]]s non codificantes intercalados entre os [[exón]]s, e neles é mellor estudar a secuencia do [[ARNm]] maduro.

 

 

Nunha secuencia de [[ADN]] calquera, que é bicatenario, hai, ''a priori'', '''6''' posibles sentidos nos que poden aparecer marcos abertos de lectura, tres lendo a secuencia nun sentido e tres no sentido da cadea complementaria. Dado que cada codón comprende 3 nucleótidos, existen 3 posibles lugares de inicio para empezar a coller os nucleótidos de 3 en 3 (e en caso de que se tomara o cuarto nucleótido como lugar de inicio, isto faría coincidir o marco aberto de lectura co mesmo que se formaría se se toma como inicio o primeiro nucleótido). A estes hai que engadir outros 3 posibles marcos abertos de lectura se o ADN é traducido tomando como molde a fibra complementaria, no sentido de lectura oposto. Estes marcos abertos de lectura denomínanse +1, +2, +3, -1, -2 e -3.