Os mecanismos de transporte que utilizan as proteínas para trasladarse a través do aparato de Golgi non están moi claros aínda, polo que existen varias hipóteses para explicalo. Actualmente, existen dous modelos predominantes que non son excluíntes, ata o punto de que se fala moitas veces de "modelo combinado".<ref name="alberts" />
* '''Modelo de maduración das cisternas'''. As cisternas do aparato de Golgi levan a cabo un movimentomovemento unidireccional desde a rexión cis, onde se forman, ata a rexión trans, onde son destruídas. As vesículas do [[retículo endoplasmático]] fusiónanse cos dictiosomas da rexión cis para dar lugar a novas cisternas, o que podería xerar o movemento das cisternas a través do aparato de Golgi a medida que se van formando novas cisternas na rexión cis. Este modelo apóiase no feito de que se observaron ao [[microscopio]] estruturas maiores que as vesículas de transporte, tales como as fibras de [[coláxeno]], desprazándose a través del aparato de Golgi.<ref name="alberts" /> Inicialmente, esta hipóteses tivo unha grande acollida e foi a máis aceptada ata os anos 80. Os últimos estudos realizados ao respecto pola Universidade de Tokio e a de Chicago con tecnoloxía máis avanzada permitiron observar con maior detalle os compartimentos e o proceso de maduración do aparato de Golgi.<ref>{{Cita publicación| autor=Glick, B.S. and Malhotra, V. | título=The curious status of the Golgi apparatus | revista=Cell | año=1998 | volumen=95 | páginas= 883-889}}</ref> Ademais, existen evidencias de movementos retrógrados (en dirección cis) de certo tipo de vesículas (COP1), que transportan proteínas do retículo endoplasmático por medio do recoñecemento de [[péptido]]s sinal.<ref>Pelham, H.R.B. and J.E. Rothman, The Debate about Transport in the Golgi - Two Sides of the Same Coin? Cell, 2000. 102: p. 713-719.</ref>
[[Ficheiro:Dictiosome.svg|thumb|300px|Esquema do transporte nun dictiosoma. 1. Vesículas do retículo endoplasmático. 2. Vesículas de exocitoses. 3. Cisterna. 4. Membrana plasmática da célula. 5. Vesícula de secreción.]]
