Emerson comezou a súa andaina xogando en Portugal para o equipo lisboeta de [[Os Belenenses]] durante as tempadas 1992-94, militando posteriormente no [[FC Porto]] na campaña 1994-96, cosneguindoconseguindo aquí dous títulos de liga. Despois foi traspasado ao [[Middlesbrough]] inglés, onde militou a tempada 1997-98, pasando posteriormente ao [[CD Tenerife]], equipo con que descendería á [[Segunda división española|Segunda División]]. No ano 2000 foi contratado polo [[Deportivo da Coruña]], ao que se incorporou e finalmente entrou nos plans do adestrador [[Javier Irureta]] para formar parte do cadro de 27 xogadores inscritos para a [[Champions League]]. Durante a súa etapa no Deportivo conseguiría a Supercopa de España. En agosto de 2002 foi transferido ao [[Atlético de Madrid]].
