A Agrupación Deportiva Alcorcón foi fundada no ano 1971 por Dionisio Muñoz Jerez e tras varias tempadas deambulando por Rexional Preferente e Terceira división na tempada 1999-00 consegue o ascenso á Segunda división B española logrando finalizar na tempada 2000-01 (primeira da súa historia en Segunda B) na 12ª posición. Na seguinte tempada o club non realiza unha campaña tan boa como a anterior e finaliza na 16ª posición, moi preto dos postos de descenso a Terceira. Durante as seis tempadas seguintes o equipo logra quedar clasificado na zona media da táboa, ata a tempada 2008-09 na que queda clasificado como 3º do seu grupo, accedendo así a disputar a promoción de ascenso a Segunda División.
Na promoción de ascenso a segunda logrou eliminar na primeira rolda ao UE Sant Andreu (0-0 e 4-2) e na segunda rolda ao CD Alcoyano (1-0 e 2-1). Na fase final logrou un resultado de 0-0 fronte ao Real Unión de Irún na ida polo que o ascenso decidiríase no Stadium Gal de Irún. No partido disputado en Irún fronte ao Real Unión sufriu unha derrota por 3-1 dicindo adeus ao ascenso de categoría e tendo que conformarse con disputar a tempada 2009-10 en Segunda B. Na tempada 2009-10 o club participa de novo na Copa do Rei debido a que na tempada 2008-09 logrou quedar terceiro clasificado de Segunda B (grupo II).
O 27 de outubro de 2009, o Alcorcón vive o episodio máis ilustre da súa traxectoria tras eliminar da Copa do Rei ao Real Madrid por un marcador global de 4-1. Este episodio foi chamado pola prensa española como o Alcorconazo. O equipo amarelo conseguiu un avultado 4-0 no partido de ida, disputado no Estadio Santo Domingo, e logrou superar a eliminatoria tras conseguir manter a vantaxe no partido de volta no Estadio Santiago Bernabéu, que acabou cun insuficiente 1-0 favorable a un decepcionante Real Madrid, o cal estaba infestado de estrelas do fútbol mundial como Cristiano Ronaldo, Kaká e Karim Benzema.
Nesa mesma tempada queda campión do grupo II de Segunda B e non pasa a primeira eliminatoria de ascenso de campións contra o Granada CF. Con todo, logra pasar as dúas seguintes eliminatorias e subir a Segunda División por primeira vez na súa historia.
Na tempada do debut en Segunda logra a permanencia sen moitos problemas. Na tempada 2011-12 convértese no equipo revelación da categoría e acaba na cuarta posición, disputando o playoff de ascenso a Primeira División. Na semifinal consegue eliminar ao Hércules, pero na final perde contra o Real Valladolid cun resultado global de 2-1, quedando a un paso da máxima categoría.
O estadio do club é o Estadio Santo Domingo, de herba natural. Ten capacidade para 2.800 persoas, todas sentadas. A Cidade Deportiva Santo Domingo atópase no barrio das Retamas, e nas súas proximidades atópanse a estación de Las Retamas e o teatro Buero Vallejo.