Wikipedia

ADN non codificante

(Redirección desde «DNA lixo»)

En xenómica e disciplinas relacionadas, as secuencias de ADN non codificante son compoñentes do ADN dun organismo que non codifican secuencias de proteínas. Parte do ADN non codificante é transcrito en moléculas funcionais de ARN non codificante (por exemplo, ARNt, ARNr, e ARNs reguladores), mentres que outras non son transcritas ou dan lugar a transcritos de ARN sen función coñecida. Por tanto, que un ADN non codifique proteínas non quere dicir que non poida ter unha función biolóxica. Non obstante, a parte dese ADN aínda non se lle atopou unha función. A cantidade de ADN non codificante varía grandemente entre as especies. Por exemplo, un 98% do xenoma humano é ADN non codificante,[2] mentres que só aproximadamente un 10-15% dun xenoma bacteriano típico é ADN non codificante.[3]

A planta Utricularia gibba ten só un 3% de ADN non codificante,[1] o que é un valor baixo para unha planta do grupo das anxiospermas.

Inicialmente, non se coñecía ningunha función para unha gran proporción do ADN non codificante e pensouse que probablemente unha boa parte del non a tería, polo que hai unhas décadas acuñouse o termo "ADN lixo" (junk DNA), que se popularizou bastante nos medios de comunicación e tamén se usou en publicacións científicas. Despois fóronse descubrindo funcións para unha parte dese ADN, polo que empezou a usarse cada vez máis o termo ADN non codificante. De todos os xeitos, desde hai tempo coñecíanse funcións realizadas por segmentos non codificantes, como as dos xenes de ARNs funcionais e as das orixes de replicación, centrómeros, e telómeros entre outros.

Non obstante, algunhas secuencias de ADN que forman unha porción significativa do noso xenoma seguen ser ter unha función coñecida para o organismo, como os retrovirus endóxenos. Entre as funcións que se sabe realizan os diversos tipos de secuencias de ADN non codificantes están: regulación da transcrición e tradución das secuencias que codifican proteínas, orixes de replicación do ADN, centrómeros, telómeros, rexións de unión do armazón (SARs), xenes de ARNs funcionais, e moitas outras. Sospéitase que algunhas outras secuencias non codificantes teñen probablemente funcións aínda non determinadas (o que se infire do seu alto nivel de semellanza na secuencia entre distintas especies).

A fracción funcional do ADN non codificante e en xeral a do xenoma humano foi discutida. O proxecto Enciclopedia de Elementos do ADN (ENCODE)[4] sinalaba en 2012 que un 80% do ADN do xenoma humano "ten algún propósito, falando bioquimicamente".[5] Non obstante, esta conclusión foi criticada por algúns científicos,[6][7] e nun recente artigo afírmase que só o "8,2% do xenoma humano é probablemente funcional, e que só o 2,2% se mantivo restrinxido en humanos e ratos deste que estas especies diverxiron".[8]

Como é difícil determinar se gran parte das rexións do xenoma son funcionais ou non funcionais, segue habendo moita controversia sobre que criterios se deberían usar para identificar ditas funcións. Moitos científicos que teñen unha visión evolutiva do xenoma prefiren criterios baseados na preservación das secuencias de ADN pola selección natural.[9][10][11] Outros científicos discuten esta visión ou fan diferentes interpretacións dos datos.[12][13][14]

Fracción de ADN xenómico non codificante

editar

A cantidade tota de ADN xenómico varía amplamente entre organismos, e a proporción de ADN codificante e non codificante neses xenomas varía moito tamén. Máis do 98% do xenoma humano non codifica proteínas, e entre el se encontran a maioría das secuencias dentro dos intróns e a maioría do ADN interxénico.[2]

Aínda que o tamaño do xenoma global, e por extensión a cantidade de ADN non codificante, están correlacionados coa complexidade do organismo, hai moitas excepcións. Por exemplo, o xenoma do organismo unicelular Polychaos dubium (antes chamado Amoeba dubia) contén máis de 200 veces a cantidade de ADN que teñen os humanos.[15] O xenoma do peixe Takifugu rubripes é de só un oitavo do tamaño do xenoma humano, pero parece ter un número comparable de xenes; aproximadamente o 90% do xenoma do Takifugu é ADN non codificante.[2] En 2013, descubriuse un novo "récord" de xenoma eficiente, o da planta Utricularia gibba, que tn só o 3% de ADN non codificante. Un dos descubridores, Victor Albert, declarou que "Polo menos nunha planta, o ADN lixo realmente é xusto lixo: non é necesario."[1] A gran variación no tamaño do xenoma nuclear entre especies eucarióticas coñécese como o enigma do valor C ou paradoxo do valor C.[16] A maioría da diferenza nos tamaños dos xenomas parece deberse ao ADN non codificante.

Un 80 % das nucleobases do xenoma humano pode transcribirse,[17] pero a transcrición non implica necesariamente unha función.[18]

Tipos de secuencias de ADN non codificante

editar
Artigo principal: Secuencia non codificante conservada.

Xenes de ARN funcional non codificante

editar
Véxase tamén: ARN interferente.

Os ARN non codificantes son moléculas de ARN funcionais que non son traducidos a proteínas. Exemplos de ARN non codificante son o ARN ribosómico, ARN transferente, ARN que interacciona con piwi e microARN.

Predícese que os microARNs controlan a actividade traducional de aproximadamente o 30% de todas os xenes codificantes de proteínas en mamíferos e poden ser compoñentes vitais na progresión ou no tratamento de varias doenzas incluíndo o cancro, enfermidades cardiovasculares, e a resposta do sistema inmunitario á infección.[19]

Elementos reguladores en Cis e Trans

editar

Os elementos reguladores en cis son secuencias que controlan a transcrición dun xene próximo. Os elementos en cis poden ser localizados nas rexións non traducidas 5' ou 3' (UTRs) dos xenes ou dentro dos intróns. Os elemento regulados en trans controlan a transcrición dun xene distante.

Os promotores facilitan a transcrición dun xene particular e están tipicamente augas arriba da rexión codificante. As secuencias amplificadoras pode tamén exercer efectos a distancia nos niveis de transcrición dos xenes.[20]

Intróns

editar

Os intróns son seccións non codificanes dun xene, que se transcriben nun ARNm precursor, pero que non se traducen, xa que son eliminados por medio do splicing durante o procesamento do ARN mensaxeiro inmaturo. Moitos intróns parecen ser elementos xenéticos móbiles.[21]

Os estudos sobre os intróns do grupo I do protozoo Tetrahymena indicaban que algúns intróns parecen ser elementos xenéticos egoístas, neutros para o hóspede porque se eliminan eles mesmos dos exóns que os flanquean durante o procesamento do ARN e non producen un nesgo na expresión entre os alelos con ou sen o intrón.[21] Algúns intróns parecen ter unha función biolóxica significativa, posiblemente por medio da funcionalidade de ribozima que pode regular a acividade do ARNt e ARNr e a expresión de xenes codificantes de proteínas, evidente en hóspedes que se converteron en dependentes deses intróns ao longo de grandes períodos de tempo; o trnL-intrón encóntrase en todas as plantas verdes e parece que foi herdado por transferencia vertical de xenes desde hai varios miles de millóns de anos, incluíndo máis de mil millóns de anos dentro dos cloroplastos e uns 2 ou 3 miles de millóns de anos adicionais antes nos antepasados cianobacterianos dos cloroplastos.[21]

Pseudoxenes

editar

Os pseudoxenes son secuencias de ADN, relacionadas con xenes coñecidos, que perderon a súa capacidade de codificar proteínas ou por algunha outra razón xa non poden expresarse na célula. Os pseudoxenes orixínanse por retrotransposición ou por duplicación xenómica dos xenes funcionais, e convertéronse en "fósiles xenómicos" que non son funcionais debido a mutacións que impiden a transcrición do xene, como as que ocorren na rexión promotora do xene, ou alteran fatalmente a tradución do xene, como cando orixinan un codón de parada prematuro ou un cambio na pauta de lectura.[22] Os pseudoxenes que se orixinan por retrotransposición dun ARN intermediario denomínanse pseudoxenes procesados. Os pseudoxenes que xorden de restos xenómicos de xenes duplicados ou residuos de xenes inactivados son pseudoxenes non procesados.[22]

Aínda que a lei de Dollo suxire que a perda de función nos pseudoxenes é probablemente permanente, os xenes silenciados poden en realidade conservar unha función durante varios millóns de anos e poden ser "reactivados" en secuencias codificantes de proteínas,[23] e un número substancial de pseudoxenes son transcritos activamente.[22][24] Como se cre que os pseudoxenes cambian sen restricións evolutivas, poden servir como un modelo útil do tipo e frecuencias de varias mutacións xenéticas espontáneas.[25]

Secuencias repetidas, transposóns e elementos virais

editar

Os transposóns e retrotransposóns son elementos xenéticos móbiles. As secuencias repetidas retrotransposóns, entre as que se inclúen os elementos nucleares intercalados longos (LINEs) e os elementos nucleares intercalados curtos (SINEs), supoñen unha gran proporción das secuencias xenómicas en moitas especies. As secuencias Alu, clasificadas como SINEs, son os elementos móbiles máis abondosos no xenoma humano. Algúns SINEs exercen un control transcricional sobre algúns xenes que codifican proteínas.[26][27][28]

As secuencias de retrovirus endóxenos son o produto da transcrición inversa de xenomas de retrovirus inseridos nos xenomas de células xerminais. As mutacións nestas secuencias retrotranscritas poden inactivar o xenoma viral.[29]

Un 8% do xenoma humano está constituído por secuencias de retrovirus endóxenos (a maioría deterioradas), e forman parte da fracción de case o 42% que deriva de retrotransposons recoñecibles, e hai outro 3% que pode identificarse como restos de transposóns de ADN. Gran parte da metade restante do xenoma para cuxa orixe actualmente non hai unha explicación, crese que tamén se debeu orixinar a partir de elementos de tipo transposón que eran activos hai moito tempo (> 200 millóns de anos) e que sufriron mutacións aleatorias que os fixeron irrecoñecibles.[30] A variación dos tamaños dos xenomas en polo menos dous grupos de plantas é o resultado principalmente de secuencias de retrotransposóns.[31][32]

Telómeros

editar

Os telómeros son rexións de ADN repetitivo situadas nos extremos dos cromosomas, que proporcionan protección ante a deterioración dos cromosomas durante a replicación do ADN.

ADN lixo

editar

O termo "ADN lixo" (junk DNA) popularizouse na década de 1960.[33][34] Foi formalizado en 1972 por Susumu Ohno,[35] quen sinalou que a carga mutacional das mutacións deletéreas situaba un límite máximo no número de loci funcionais que podía agardarse dada unha taxa de mutación típica. Ohno predixo que os xenomas de mamíferos non podían ter máis de 30.000 loci baixo selección antes de que o "custo" da carga mutacional causase unha inevitable diminución da eficacia biolóxica (fitness), e finalmente a extinción. Esta predición permanece firme hoxe, cando sabemos que o xenoma humano contén aproximadamente 20.000 xenes. Outra fonte para a teoría de Ohno foi a observación de que mesmo as especies que están estreitamente emparentadas poden ter tamaños de xenomas moi diferentes (en ordes de magnitude), o cal fora denominado paradoxo do valor C en 1971.[36]

O ADN lixo segue sendo unha denominación para as porcións de secuenccias do xenoma para as cales non se identificou ningunha función discernible e que por análise xenómica comparada non parecen estar baixo ningunha restrición funcional, o que suxire que as propias secuencias non proporcionaron vantaxes adaptativas. Desde finais da década de 1970 fíxose aparente que a maioría do ADN non codificante en xenomas grandes ten a súa orixe na amplificación egoísta de elementos transpoñibles, sobre os cales W.Ford Doolittle e Carmen Sapienza en 1980 escribiron na revista Nature o seguinte: "Cando nun ADN dado, ou clase de ADNs, de función fenotípica non probada pode demostrarse que evolucionou unha estratexia (como a transposición) que asegura a súa supervivencia xenómica, entón non é necesaria ningunha outra explicación para a súa existencia."[37] A cantidade de ADN lixo que pode esperarse depende da taxa de amplificación destes elementos e a taxa á que se perde o ADN non funcional.[38] No mesmo número de Nature, Leslie Orgel e Francis Crick escribiron que o ADN lixo ten "pouca especificidade e supón pouca ou ningunha vantaxe selectiva para o organismo".[39] O termo utílízase principalmente na divulgación científica, pero tamén nalgunhas publicacións científicas, e suxeriuse algunha vez que as connotacións do termo puideron facer que se atrasase o interese en estudar as funcións biolóxicas do ADN non codificante.[40]

Varias liñas de evidencias indican que algunhas secuencias de "ADN lixo" probablemente teñen unha actividade funcional non identificada e que o proceso de exaptación de fragmentos de ADN orixinalmente non funcional ou egoísta foi algo bastante común no decurso da evolución.[41] En 2012, o proxecto ENCODE, un programa de investigación do Instituto Nacional de Investigación do Xenoma Humano (National Human Genome Research Institute), informou que o 76% das secuencias de ADN non codificantes do xenoma humano eran transcritas e que case a metade do xenoma era dalgún modo accesible ás proteínas xenéticas reguladoras como os factores de transcrición.[5] Porén, a suxestión feita polo ENCODE de que un 80% do xenoma humano é bioquimicamente funcional foi moi criticada por algúns científicos,[6] que argumentan que nin a accesibilidade de segmentos do xenoma a factores de transcrición nin a súa transcrición garanten que eses segmentos teñan función bioquímica e que a súa transcrición sexa vantaxosa selectivamente.[7][36][42] Nunha publicación de 2014 os líderes do proxecto ENCODE trataron de abordar "a cuestión de se as rexións non conservadas pero bioquimicamente activas son verdadeiramente funcionais". Admitiron que para "a maior proporción do xenoma con forza de sinal bioquímica reproducible pero baixa e menos conservación evolutiva [por exemplo o 70% da cobertura transcrita documentada] é todo un reto discernir entre funcións específicas e ruído biolóxico", e que a resolución dos ensaios realizados a miúdo é moito menos precisa que os sitios funcionais subxacentes, e que, por tanto, algunhas das secuencias que reproduciblemente son “bioquimicamente activas pero selectivamente neutras” é improbable que realicen funcións relevantes. Por outra parte, argumentaron que unha fracción entre o 12 e o 15% do ADN humano que está baixo restrición funcional, como se estimou por varios métodos extrapolativos, pode aínda ser unha subestimación.[43]

Funcións do ADN non codificante

editar

Moitas secuencias de ADN non codificante teñen importantes funcións biolóxicas como indican os estudos de xenómica comparada que atoparon algunhas rexións de ADN non codificante que están moi conservadas, ás veces en escalas de tempo de centos de millóns de anos, o que implica que estas rexións non codificantes están sometidas a unha forte presión evolutiva e selección positiva.[44] Por exemplo, nos xenomas de humanos e ratos, que diverxiron dun devanceiro común hai entre 65 e 75 millóns de anos, as secuencias de ADN que codifican proteínas supoñen só un 20% do ADN conservado, e o restante 80% de ADN conservado corresponde a rexións non codificantes.[45] Os mapas de ligamento a miúdo identifican rexións cromosómicas asociadas cunha doenza sen que haxa evidencias de variantes codificantes funcionais de xenes dentro desa rexión, o que indica que as variantes xenéticas causantes destas doenzas están situadas no ADN non codificante.[45] O significado das mutacións no ADN non codificante no cancro foi explorado en 2013.[46]

Algunhas secuencias específicas de ADN non codificante poden ser características esenciais da estrutura dos cromosomas, da función do centrómero e do recoñecemento de homólogos na meiose.[47]

Segundo un estudo comparativo duns 300 xenomas procariotas e uns 30 eucariotas,[48] os eucariotas parecen requirir un mínimo de cantidade de ADN non codificante. Esta cantidade mínima pode ser predita usando un modelo de crecemento para redes xenéticas reguladoras, o que supón que é necesario para as funcións reguladoras. En humanos o mínimo predito é dun 5% do xenoma total.

Hai probas de que unha proporción significativa (arredor do 10%) de 32 xenomas de mamíferos estudados poden funcionar por medio da formación de estruturas secundarias do ARN específicas.[49] O estudo utilizou xenómica comparada para identificar as mutacións no ADN compensatorias que manteñen determinados apareamentos de bases no ARN, unha característica distintiva das moléculas de ARN. Un 80% das rexións xenómicas presentan probas evolutivas da conservación de estruturas dos ARN pero non presentan unha conservación de secuencias de ADN forte.

Protección do xenoma

editar
Artigo principal: Mutación.

O ADN non codificante separa os xenes uns dous outros en longos intervalos, polo que a mutación nun xene ou parte dun cromosoma, por exemplo unha deleción ou inserción, non causa unha "mutación por cambio da pauta de lectura" en todo o cromosoma. Cando a complexidade do xenoma é relativamente alta, como no caso do xenoma humano, hai intervalos deste tipo non só entre diferentes xenes, senón tamén dentro dun mesmo xene, que se chaman intróns, que protexen ao segmento codificante enteiro para minimizar os cambios causados pola mutación.

Interruptores xenéticos

editar

Algunhas secuencias non codificantes son "interruptores" xenéticos que regulan cando e onde se deben expresar os xenes.[50]

Regulación da expresión xénica

editar
Artigo principal: Regulación da expresión xénica.

Algunhas secuencias non codificantes determinan os niveis de expresión de varios xenes.[51]

Sitios de factores de transcrición

editar
Artigo principal: Factor de transcrición.

Algunhas secuencias de ADN non codificantes determinan o lugar onde se deben unir os factores de transcrición.[51] Un factor de transcrición é unha proteína que se une a secuencias non codificantes específica, controlando dese modo o fluxo (ou transcrición) da información xenética desde o ADN ao ARNm. Os factores de transcrición actúan en moi diferentes localizacións nos xenomas de diferentes persoas.

Operadores

editar
Artigo principal: Operador (xenética) .

Un operador é un segmento de ADN ao que se une unha molécula que actúa como represor. Un represor é unha proteína que se une ao ADN que regula a expresión dun ou máis xenes ao unirse á rexión operadora e bloquear a unión alí da ARN polimerase, o que impide a transcrición do xene. Este bloqueo da expresión denomínase represión.

Amplificadores

editar
Artigo principal: Amplificador xenético.

Un amplificador (enhancer) é unha curta rexión do ADN á que se poden unir proteínas (factores que actúan en trans), parecidos a un conxunto de factores de transcrición, para amplificar os niveis de transcrición dos xenes nunha agrupación (cluster) de xenes.

Silenciadores

editar
Artigo principal: Silenciador (ADN) .

Un silenciador é unha rexión de ADN que inactiva a expresión xénica cando se unen a el proteínas reguladoras. Funciona de xeito moi similar ao dos amplificadores, e diferénciase só na inactivación de xenes.

Promotores

editar
Artigo principal: Promotor (bioloxía) .

un promotor é unha rexión do ADN que facilita a transcrición dun xene determinado. Os promotores están localizados tipicamente preto dos xenes que regulan.

Illadores

editar
Artigo principal: Illador (xenética) .

Un illador xenético é un elemento delimitador, que desempeña dúas funcións na expresión xénica, xa que pode funcionar como un código bloqueador dos amplificadores, ou en casos menos frecuentes como unha barreira contra a cromatina condensada. Un illador nunha secuencia de ADN é comparable a un signo ortográfico como unha coma (,) nunha frase, porque o illador indica onde acaba unha secuencia amplificada ou reprimida.

Usos do ADN non codificante

editar

ADN non codificante e evolución

editar

As secuencias compartidas de ADN aparentemente non funcional son unha importante liña de probas da orixe común.[52]

As secuencias de pseudoxenes parecen acumular mutacións máis rapidamente que as secuencias codificantes debido á perda de presión selectiva.[25] Isto permite a creación de alelos mutantes que incorporan novas funcións que poden ser favorecidas pola selección natural; así, os pseudoxenes poden servir como materia prima para a evolución e poden considerarse "protoxenes".[53]

Correlacións de rango longo

editar

Atopouse unha distinción estatística entre as secuencas de ADN codificantes e as non codificantes. Observouse que os nucleótidos nas secuencias non codificantes mostran correlacións de rango longo (correlacións entre nucleótidos en distancias longas ao longo da cadea de ADN), mentres que as secuencias codificantes non.[54][55][56]

Antropoloxía forense

editar

A policía ás veces recolle como proba mostras de ADN para a identificación forense. A identificación da persoa faise analizando rexións de ADN non codificante, que é onde se atopan as rexións con repeticións que se analizan.

Notas

editar
  1. ↑ 1,0 1,1 "Worlds Record Breaking Plant: Deletes its Noncoding "Junk" DNA". Design & Trend. 12 de maio de 2013. Arquivado dende o orixinal o 25 de marzo de 2016. Consultado o 2013-06-04. 
  2. ↑ 2,0 2,1 2,2 Elgar G, Vavouri T; Vavouri (xullo de 2008). "Tuning in to the signals: noncoding sequence conservation in vertebrate genomes". Trends Genet. 24 (7): 344–52. PMID 18514361. doi:10.1016/j.tig.2008.04.005. 
  3. ↑ Koonin, Eugene V.; Wolf, Yuri I. (NaN undefined NaN). "Constraints and plasticity in genome and molecular-phenome evolution". Nature Reviews Genetics 11 (7): 487–498. DOI:10.1038/nrg2810. PMC 3273317. PMID 20548290. //www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi?tool=pmcentrez&artid=3273317. Cita: "As rexións non codificantes constitúen só o 10-15% do xenoma da maioría dos procariotas de vida libre, e unha considerable fracción destas secuencias comprende elementos reguladores que están substancialmente constrinxidos na súa evolución. Os xenomas da maioría dos virus son aínda máis compactos, con case toda a súa secuencia xenómica ocupada por xenes codificantes de proteínas".
  4. ↑ The ENCODE Project Consortium; Dunham; Aldred; Collins; Davis; Doyle; Epstein; Frietze; Harrow; Kaul; Khatun; Lajoie; Landt; Lee; Pauli; Rosenbloom; Sabo; Safi; Sanyal; Shoresh; Simon; Song; Altshuler; Birney; Brown; Cheng; Djebali; Dong; Dunham; et al. (2012). "An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome". Nature 489 (7414): 57–74. Bibcode:2012Natur.489...57T. PMC 3439153. PMID 22955616. doi:10.1038/nature11247. 
  5. ↑ 5,0 5,1 Pennisi, E. (Sep 2012). "Genomics. ENCODE project writes eulogy for junk DNA". Science 337 (6099): 1159, 1161. PMID 22955811. doi:10.1126/science.337.6099.1159. 
  6. ↑ 6,0 6,1 Robin McKie (24 de febreiro de 2013). "Scientists attacked over claim that 'junk DNA' is vital to life". The Observer. 
  7. ↑ 7,0 7,1 Dan Graur, Yichen Zheng, Nicholas Price, Ricardo B. R. Azevedo1, Rebecca A. Zufall1 and Eran Elhaik (2013). "On the immortality of television sets: "function" in the human genome according to the evolution-free gospel of ENCODE" (PDF). Genome Biology and Evolution 5 (3): 578–90. PMC 3622293. PMID 23431001. doi:10.1093/gbe/evt028. 
  8. ↑ Chris M. Rands, Stephen Meader, Chris P. Ponting and Gerton Lunter (2014). "8.2% of the Human Genome Is Constrained: Variation in Rates of Turnover across Functional Element Classes in the Human Lineage". PLoS Genet 10 (7): e1004525. PMC 4109858. PMID 25057982. doi:10.1371/journal.pgen.1004525. 
  9. ↑ Ohno S (1972). "An argument for the genetic simplicity of man and other mammals". Journal of Human Evolution 1 (6): 651–662. doi:10.1016/0047-2484(72)90011-5. 
  10. ↑ Morange, Michel (2014). "Genome as a Multipurpose Structure Built by Evolution" (PDF). Perspectives in Biology and Medicine 57 (1): 162–171. PMID 25345709. doi:10.1353/pbm.2014.0008. 
  11. ↑ Palazzo, A F; Kejiou, N S (2022). "Non-Darwinian Molecular Biology". Front. Genet. 13: 831068. PMC 8888898. PMID 35251134. doi:10.3389/fgene.2022.831068. 
  12. ↑ Germain PL, Ratti E, and Boem F (2014). "Junk or functional DNA? ENCODE and the function controversy". Biology & Philosophy 29 (6): 807–821. doi:10.1007/s10539-014-9441-3. 
  13. ↑ Mattick, John S (2023). "RNA out of the mist". Trends in Genetics 39 (3): 187–207. PMID 36528415. doi:10.1016/j.tig.2022.11.001. 
  14. ↑ Kellis M, Wold B, Snyder MP, Bernstein BE, Kundaje A, Marinov GK, Ward LD, Birney E, Crawford GE, Dekker J, Dunham I, Elnitski LL, Farnham PJ, Feingold EA, Gerstein M, Giddings MC, Gilbert DM, Gingeras TR, Green ED, Guigo R, Hubbard T, Kent J, Lieb JD, Myers RM, Pazin MJ, Ren B, Stamatoyannopoulos JA, Weng Z, White KP, Hardison RC (abril de 2014). "Defining functional DNA elements in the human genome". Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 111 (17): 6131–6138. Bibcode:2014PNAS..111.6131K. PMC 4035993. PMID 24753594. doi:10.1073/pnas.1318948111. 
  15. ↑ Gregory TR, Hebert PD; Hebert (abril de 1999). "The modulation of DNA content: proximate causes and ultimate consequences". Genome Res. 9 (4): 317–24. PMID 10207154. doi:10.1101/gr.9.4.317 (inactivo 2015-02-01). 
  16. ↑ Wahls, W.P.; et al. (1990). "Hypervariable minisatellite DNA is a hotspot for homologous recombination in human cells". Cell 60 (1): 95–103. PMID 2295091. doi:10.1016/0092-8674(90)90719-U. 
  17. ↑ Pennisi, Elizabeth (2007). "DNA Study Forces Rethink of What It Means to Be a Gene". Science 316 (5831): 1556–7. PMID 17569836. doi:10.1126/science.316.5831.1556. 
  18. ↑ Struhl, Kevin (2007). "Transcriptional noise and the fidelity of initiation by RNA polymerase II". Nature Structural & Molecular Biology 14 (2): 103–105. PMID 17277804. doi:10.1038/nsmb0207-103. 
  19. ↑ Li M, Marin-Muller C, Bharadwaj U, Chow KH, Yao Q, Chen C; Marin-Muller; Bharadwaj; Chow; Yao; Chen (abril de 2009). "MicroRNAs: Control and Loss of Control in Human Physiology and Disease". World J Surg 33 (4): 667–84. PMC 2933043. PMID 19030926. doi:10.1007/s00268-008-9836-x. 
  20. ↑ Visel A; Rubin EM; Pennacchio LA (setembro de 2009). "Genomic Views of Distant-Acting Enhancers". Nature 461 (7261): 199–205. Bibcode:2009Natur.461..199V. PMC 2923221. PMID 19741700. doi:10.1038/nature08451. 
  21. ↑ 21,0 21,1 21,2 Nielsen H, Johansen SD; Johansen (2009). "Group I introns: Moving in new directions". RNA Biol 6 (4): 375–83. PMID 19667762. doi:10.4161/rna.6.4.9334. 
  22. ↑ 22,0 22,1 22,2 Zheng D, Frankish A, Baertsch R; et al. (xuño de 2007). "Pseudogenes in the ENCODE regions: Consensus annotation, analysis of transcription, and evolution". Genome Res. 17 (6): 839–51. PMC 1891343. PMID 17568002. doi:10.1101/gr.5586307. 
  23. ↑ Marshall CR, Raff EC, Raff RA; Raff; Raff (decembro de 1994). "Dollo's law and the death and resurrection of genes". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 91 (25): 12283–7. Bibcode:1994PNAS...9112283M. PMC 45421. PMID 7991619. doi:10.1073/pnas.91.25.12283. 
  24. ↑ Tutar, Y. (2012). "Pseudogenes". Comp Funct Genomics 2012: 424526. PMC 3352212. PMID 22611337. doi:10.1155/2012/424526. 
  25. ↑ 25,0 25,1 Petrov DA, Hartl DL; Hartl (2000). "Pseudogene evolution and natural selection for a compact genome". J. Hered. 91 (3): 221–7. PMID 10833048. doi:10.1093/jhered/91.3.221. 
  26. ↑ Ponicsan SL, Kugel JF, Goodrich JA; Kugel; Goodrich (febreiro de 2010). "Genomic gems: SINE RNAs regulate mRNA production". Current Opinion in Genetics & Development 20 (2): 149–55. PMC 2859989. PMID 20176473. doi:10.1016/j.gde.2010.01.004. 
  27. ↑ Häsler J, Samuelsson T, Strub K; Samuelsson; Strub (xullo de 2007). "Useful 'junk': Alu RNAs in the human transcriptome". Cell. Mol. Life Sci. 64 (14): 1793–800. PMID 17514354. doi:10.1007/s00018-007-7084-0. 
  28. ↑ Walters RD, Kugel JF, Goodrich JA; Kugel; Goodrich (Aug 2009). "InvAluable junk: the cellular impact and function of Alu and B2 RNAs". IUBMB Life 61 (8): 831–7. PMC 4049031. PMID 19621349. doi:10.1002/iub.227. 
  29. ↑ Nelson, PN.; Hooley, P.; Roden, D.; Davari Ejtehadi, H.; Rylance, P.; Warren, P.; Martin, J.; Murray, PG. (Oct 2004). "Human endogenous retroviruses: transposable elements with potential?". Clin Exp Immunol 138 (1): 1–9. PMC 1809191. PMID 15373898. doi:10.1111/j.1365-2249.2004.02592.x. 
  30. ↑ International Human Genome Sequencing Consortium; Linton; Birren; Nusbaum; Zody; Baldwin; Devon; Dewar; Doyle; Fitzhugh; Funke; Gage; Harris; Heaford; Howland; Kann; Lehoczky; Levine; McEwan; McKernan; Meldrim; Mesirov; Miranda; Morris; Naylor; Raymond; Rosetti; Santos; Sheridan; et al. (febreiro de 2001). "Initial sequencing and analysis of the human genome". Nature 409 (6822): 879–888. Bibcode:2001Natur.409..860L. PMID 11237011. doi:10.1038/35057062. 
  31. ↑ Piegu, B.; Guyot, R.; Picault, N.; Roulin, A.; Sanyal, A.; Saniyal, A.; Kim, H.; Collura, K.; et al. (Oct 2006). "Doubling genome size without polyploidization: dynamics of retrotransposition-driven genomic expansions in Oryza australiensis, a wild relative of rice". Genome Res 16 (10): 1262–9. PMC 1581435. PMID 16963705. doi:10.1101/gr.5290206. 
  32. ↑ Hawkins, JS.; Kim, H.; Nason, JD.; Wing, RA.; Wendel, JF. (Oct 2006). "Differential lineage-specific amplification of transposable elements is responsible for genome size variation in Gossypium". Genome Res 16 (10): 1252–61. PMC 1581434. PMID 16954538. doi:10.1101/gr.5282906. 
  33. ↑ Ehret CF, De Haller G; De Haller (1963). "Origin, development, and maturation of organelles and organelle systems of the cell surface in Paramecium". Journal of Ultrastructure Research. 9 Supplement 1: 1, 3–42. PMID 14073743. doi:10.1016/S0022-5320(63)80088-X. 
  34. ↑ Dan Graur, The Origin of Junk DNA: A Historical Whodunnit
  35. ↑ Ohno, Susumu (1972). H. H. Smith, ed. So Much "Junk" DNA in Our Genome. Gordon and Breach, New York. pp. 366–370. Arquivado dende o orixinal o 27 de maio de 2019. Consultado o 2013-05-15. 
  36. ↑ 36,0 36,1 Sean Eddy (2012) The C-value paradox, junk DNA, and ENCODE Arquivado 23 de outubro de 2013 en Wayback Machine., Curr Biol 22(21):R898–R899.
  37. ↑ Doolittle WF, Sapienza C; Sapienza (1980). "Selfish genes, the phenotype paradigm and genome evolution". Nature 284 (5757): 601–603. Bibcode:1980Natur.284..601D. PMID 6245369. doi:10.1038/284601a0. 
  38. ↑ Outra fonte é a duplicación xenómica seguida da perda de función debido a redundancia.
  39. ↑ Orgel LE, Crick FH; Crick (abril de 1980). "Selfish DNA: the ultimate parasite". Nature 284 (5757): 604–7. Bibcode:1980Natur.284..604O. PMID 7366731. doi:10.1038/284604a0. 
  40. ↑ Khajavinia A, Makalowski W; Makalowski (maio de 2007). "What is "junk" DNA, and what is it worth?". Scientific American 296 (5): 104. PMID 17503549. doi:10.1038/scientificamerican0307-104. The term "junk DNA" repelled mainstream researchers from studying noncoding genetic material for many years 
  41. ↑ Biémont, Christian; Vieira, C (2006). "Genetics: Junk DNA as an evolutionary force". Nature 443 (7111): 521–4. Bibcode:2006Natur.443..521B. PMID 17024082. doi:10.1038/443521a. 
  42. ↑ Doolittle, W. Ford (2013). "Is junk DNA bunk? A critique of ENCODE". Proc Natl Acad Sci USA 110 (14): 5294–5300. Bibcode:2013PNAS..110.5294D. PMC 3619371. PMID 23479647. doi:10.1073/pnas.1221376110. 
  43. ↑ Kellis, M.; et al. (2014). "Defining functional DNA elements in the human genome". PNAS 111 (17): 6131–6138. Bibcode:2014PNAS..111.6131K. PMC 4035993. PMID 24753594. doi:10.1073/pnas.1318948111. 
  44. ↑ Ludwig MZ (decembro de 2002). "Functional evolution of noncoding DNA". Current Opinion in Genetics & Development 12 (6): 634–9. PMID 12433575. doi:10.1016/S0959-437X(02)00355-6. 
  45. ↑ 45,0 45,1 Cobb J, Büsst C, Petrou S, Harrap S, Ellis J; Büsst; Petrou; Harrap; Ellis (abril de 2008). "Searching for functional genetic variants in non-coding DNA". Clin. Exp. Pharmacol. Physiol. 35 (4): 372–5. PMID 18307723. doi:10.1111/j.1440-1681.2008.04880.x. 
  46. ↑ E Khurana, Y Fu, V Colonna, XJ Mu, HM Kang, T Lappalainen, A Sboner, L Lochovsky, J Chen, A Harmanci, J Das, A Abyzov, S Balasubramanian, K Beal, D Chakravarty, D Challis, Y Chen, D Clarke, L Clarke, F Cunningham, US Evani, P Flicek, R Fragoza, E Garrison, R Gibbs, ZH Gumus, J Herrero, N Kitabayashi, Y Kong, K Lage, V Liluashvili, SM Lipkin, DG MacArthur, G Marth, D Muzny, TH Pers, GR Ritchie, JA Rosenfeld, C Sisu, X Wei, M Wilson, Y Xue, F Yu, 1000 Genomes Project Consortium, ET Dermitzakis, H Yu, MA Rubin, C Tyler-Smith, M Gerstein; Fu; Colonna; Mu; Kang; Lappalainen; Sboner; Lochovsky; Chen; Harmanci; Das; Abyzov; Balasubramanian; Beal; Chakravarty; Challis; Chen; Clarke; Clarke; Cunningham; Evani; Flicek; Fragoza; Garrison; Gibbs; Gümüs; Herrero; Kitabayashi; Kong; et al. (abril de 2013). "Integrative annotation of variants from 1092 humans: application to cancer genomics". Science 342 (6154): 372–5. PMC 3947637. PMID 24092746. doi:10.1111/j.1440-1681.2008.04880.x. 
  47. ↑ Subirana JA, Messeguer X; Messeguer (marzo de 2010). "The most frequent short sequences in non-coding DNA". Nucleic Acids Res. 38 (4): 1172–81. PMC 2831315. PMID 19966278. doi:10.1093/nar/gkp1094. 
  48. ↑ S. E. Ahnert; T. M. A. Fink (2008). "How much non-coding DNA do eukaryotes require?" (PDF). J. Theor. Biol. 252 (4): 587–592. PMID 18384817. doi:10.1016/j.jtbi.2008.02.005. Arquivado dende o orixinal (PDF) o 28 de xullo de 2019. Consultado o 02 de xaneiro de 2019. 
  49. ↑ Smith MA; et al. (xuño de 2013). "Widespread purifying selection on RNA structure in mammals". Nucleic Acids Research 41 (17): 8220–8236. PMC 3783177. PMID 23847102. doi:10.1093/nar/gkt596. 
  50. ↑ Carroll, Sean B.; et al. (maio de 2008). "Regulating Evolution". Scientific American 298 (5): 60–67. PMID 18444326. doi:10.1038/scientificamerican0508-60. 
  51. ↑ 51,0 51,1 Callaway, Ewen (marzo de 2010). "Junk DNA gets credit for making us who we are". New Scientist. 
  52. ↑ "Plagiarized Errors and Molecular Genetics", talkorigins, by Edward E. Max, M.D., Ph.D.
  53. ↑ Balakirev ES, Ayala FJ; Ayala (2003). "Pseudogenes: are they "junk" or functional DNA?". Annu. Rev. Genet. 37: 123–51. PMID 14616058. doi:10.1146/annurev.genet.37.040103.103949. 
  54. ↑ C.-K. Peng, S. V. Buldyrev, A. L. Goldberger, S. Havlin, F. Sciortino, M. Simons, H. E. Stanley; Buldyrev, SV; Goldberger, AL; Havlin, S; Sciortino, F; Simons, M; Stanley, HE (1992). "Long-range correlations in nucleotide sequences". Nature 356 (6365): 168–70. Bibcode:1992Natur.356..168P. PMID 1301010. doi:10.1038/356168a0. Arquivado dende o orixinal o 06 de novembro de 2018. Consultado o 02 de xaneiro de 2019. 
  55. ↑ W. Li and, K. Kaneko; Kaneko, K (1992). "Long-Range Correlation and Partial 1/falpha Spectrum in a Non-Coding DNA Sequence" (PDF). Europhys. Lett 17 (7): 655–660. Bibcode:1992EL.....17..655L. doi:10.1209/0295-5075/17/7/014. 
  56. ↑ S. V. Buldyrev, A. L. Goldberger, S. Havlin, R. N. Mantegna, M. Matsa, C.-K. Peng, M. Simons, and H. E. Stanley; Goldberger, A.; Havlin, S.; Mantegna, R.; Matsa, M.; Peng, C.-K.; Simons, M.; Stanley, H. (1995). "Long-range correlations properties of coding and noncoding DNA sequences: GenBank analysis". Phys. Rev. E 51 (5): 5084. Bibcode:1995PhRvE..51.5084B. doi:10.1103/PhysRevE.51.5084. Arquivado dende o orixinal o 08 de maio de 2018. Consultado o 02 de xaneiro de 2019. 

Véxase tamén

editar

Outros artigos

editar

Bibliografía

editar
Bennett, Michael D.; Leitch, Ilia J. (2005). "Genome size evolution in plants". En Gregory, T. Ryan. The Evolution of the Genome. San Diego: Elsevier. pp. 89–162. ISBN 978-0-08-047052-8. 
Gregory, T.R (2005). "Genome size evolution in animals". En T.R. Gregory (ed.). The Evolution of the Genome. San Diego: Elsevier. ISBN 0-12-301463-8. 
Shabalina SA, Spiridonov NA; Spiridonov (2004). "The mammalian transcriptome and the function of non-coding DNA sequences". Genome Biol. 5 (4): 105. PMC 395773. PMID 15059247. doi:10.1186/gb-2004-5-4-105. 
Castillo-Davis CI (October 2005). "The evolution of noncoding DNA: how much junk, how much func?". Trends Genet. 21 (10): 533–6. PMID 16098630. doi:10.1016/j.tig.2005.08.001. 

Ligazóns externas

editar
Traído desde «https://gl.wikipedia.org/w/index.php?title=ADN_non_codificante&oldid=6805093»